结论：公司员工本月只出勤三天，不能仅算加班费。员工的工资构成通常包括基本工资和可能的加班费等多个部分，具体计算方式需依据劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规来确定。

详细分析：

1. 工资构成：

   • 员工的工资一般由基本工资、绩效工资、奖金、津贴补贴以及加班费等多个部分组成。基本工资是员工在正常工作时间内应得的报酬，是工资构成的基础部分。
   • 加班费则是员工在超出正常工作时间外工作所应得的额外报酬，其计算通常基于员工的基本工资和加班时长。

2. 出勤与工资的关系：

   • 员工本月只出勤三天，意味着其正常工作时间的出勤天数较少。但这并不意味着其工资就仅由加班费构成。
   • 即使员工出勤天数少，其仍应获得相应天数的基本工资（当然，如果公司规章制度或劳动合同中有特别约定，如按实际出勤天数计算工资，则需按约定执行）。

3. 加班费的计算：

   • 如果员工在这三天之外还有加班情况，那么其加班费应按照相关法律法规和公司规章制度进行计算。
   • 加班费的计算通常涉及加班时长、基本工资以及加班费率等因素。例如，根据《劳动法》的规定，工作日加班的加班费率通常不低于工资的百分之一百五十；休息日加班又不能安排补休的，加班费率不低于工资的百分之二百；法定休假日加班的，加班费率不低于工资的百分之三百。

4. 特殊情况：

   • 如果员工本月只出勤三天是因为公司安排放假或员工请假等原因，且这些天数不属于正常工作时间内的出勤，那么员工可能无法获得这三天的基本工资（具体需看公司规章制度或劳动合同的约定）。
   • 但即便如此，如果员工有加班情况，其仍应获得相应的加班费。

法律建议：

• 对于员工而言，应仔细阅读劳动合同和公司规章制度，了解自己的工资构成和加班费的计算方式。如果对自己的工资有疑问或认为公司计算有误，可以与公司进行沟通协商或向劳动监察部门投诉。
• 对于公司而言，应严格按照相关法律法规和公司规章制度来计算和支付员工的工资和加班费，以避免可能的法律纠纷和劳动争议。

可能后果：

• 如果公司仅支付加班费而不支付基本工资（在员工应得基本工资的情况下），可能构成违法扣除工资或未足额支付工资的行为，员工有权要求公司补足差额并可能获得相应的经济补偿。
• 如果员工对公司工资计算有异议并提起劳动争议仲裁或诉讼，公司可能需要承担举证责任并可能面临败诉的风险。