结论：公司一个部门原则上不可以仅针对两个人进行考勤管理，但需结合具体情况判断其合法性与合理性。以下从不同角度进行分析：
一、从劳动法律法规的角度
平等对待原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 考勤制度作为劳动纪律的一部分，应当公平、公正地适用于所有员工，不应存在歧视性或差别对待。若部门仅对两个人进行特殊考勤，可能涉嫌违反平等对待原则。
规章制度合法性：
- 公司的考勤制度必须合法、合理，且经过民主程序制定并公示。若仅对两个人进行考勤，且这种考勤方式未经过合法程序制定或未公示，则可能因缺乏合法性而无效。
二、从实际操作与合理性的角度
特殊情况处理：
- 在某些特殊情况下，如员工因工作性质（如外勤、远程工作等）需要特殊考勤方式，公司可以与其协商并达成一致后实施。但这种情况应基于员工的实际工作需求，且需确保考勤方式的公平性和合理性。
- 若仅因个人原因（如员工与上级关系紧张等）而对两个人进行特殊考勤，则显然缺乏合理性。
管理效率与成本：
- 从管理效率和成本的角度考虑，对少数员工进行特殊考勤可能增加管理成本和复杂性。公司应权衡利弊，确保考勤制度的实施既符合法律法规要求，又符合公司实际运营需要。
三、法律建议与风险防范
审查考勤制度：
- 公司应定期审查其考勤制度，确保其合法、合理且经过民主程序制定并公示。对于特殊考勤方式，应明确其适用范围、条件和程序，避免滥用或歧视性对待。
与员工协商：
- 若需对个别员工进行特殊考勤，公司应与其进行充分协商并达成一致。协商过程中应尊重员工的意见和权益，确保考勤方式的公平性和合理性。
风险防范：
- 公司应建立健全的劳动纠纷处理机制，及时应对和处理因考勤制度引发的劳动纠纷。同时，加强员工法律培训，提高员工的法律意识和维权能力，共同维护和谐的劳动关系。
总结与进一步思考：公司一个部门不可以仅针对两个人进行考勤管理，除非存在特殊情况且经过合法程序制定并公示。在实际操作中，公司应权衡利弊，确保考勤制度的合法性和合理性。若您遇到类似问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。