结论：在民间借贷纠纷中，仅有转账凭证而无借贷合意证据，且已超过诉讼时效的情况下，原告胜诉的难度较大，但并非绝对不可能，具体需结合案件实际情况综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、转账凭证的法律效力及局限性
转账凭证，如银行转账记录、电子支付记录等，在法律上具有一定的效力，能够证明资金流转的事实。然而，单纯的转账凭证并不能独立构成充分的法律依据来证明借贷关系的存在。因为转账记录仅能反映资金的转移，无法直接体现款项的性质为借款，也无法证明双方存在借贷合意。
二、诉讼时效的影响
根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。在民间借贷纠纷中，如果已超过诉讼时效期间，且被告提出时效抗辩，原告将面临败诉的风险。但需注意，如果被告在诉讼时效期间届满后同意履行债务，或者原告能够证明存在诉讼时效中止、中断的情形，诉讼时效可能重新计算。
三、仅有转账凭证起诉可能面临的挑战
- 证明力不足：如前所述，转账凭证无法直接证明借贷关系的存在，原告需承担更重的举证责任，以证明双方存在借贷合意。
- 被告抗辩风险：若被告否认借贷关系，并提供初步证据证明转账系因其他法律关系产生（如居间费、货款、赠与、投资款等），原告将面临更大的举证难度。
- 诉讼风险：如果原告无法提供其他有效证据证明借贷关系的成立，而被告又能提供合理的证据反驳借款事实，原告可能会面临败诉的风险。
四、应对策略与建议
- 收集辅助证据：尽管仅有转账凭证，但原告仍应尽可能收集其他辅助证据，如聊天记录、电话录音、短信、证人证言等，以形成完整的证据链，证明双方存在借贷合意。
- 合理说明与补充证据：在诉讼过程中，原告应对借款的原因、用途、双方的关系等进行合理的说明，并提供其他能够证明借贷关系存在的证据。例如，转账前后双方关于借款的沟通记录，可以进一步佐证借贷事实。
- 关注诉讼时效：原告应关注诉讼时效问题，如果已超过诉讼时效期间，应评估是否存在诉讼时效中止、中断的情形，或者尝试与被告协商延长诉讼时效。
- 考虑其他法律途径：如果直接起诉民间借贷存在较大困难，原告可以考虑通过其他法律途径维护自己的权益，如申请支付令等。
五、典型案例参考
- 案例1：甲向乙转账5万元，无借条。庭审中甲提供转账前微信对话（“急用钱周转，下个月还”），法院判决支持借贷关系成立。这表明，即使没有书面借条，如果存在其他辅助证据证明借贷合意，原告仍有可能胜诉。
- 案例2：丙向丁转账10万元，丁主张是投资款并提供合作协议。因丙无法反驳，法院驳回诉讼请求。这表明，如果被告能提供反证证明转账系其他法律关系，原告将面临败诉风险。
最后需要强调的是，每个案件的具体情况都有所不同，法律适用也可能因地区、时间等因素而有所差异。因此，在面临民间借贷纠纷时，建议您直接向我咨询，以便根据您的具体情况提供更准确的法律建议。