在民间借贷纠纷中，若原告仅持有转账凭证作为证据，被告需要从多个方面进行举证和抗辩，以维护自己的合法权益。以下是一些具体的建议和步骤：
一、针对转账凭证真实性的抗辩与举证
提出异议并申请鉴定：
- 如果被告怀疑转账凭证的真实性，比如认为转账记录被篡改或伪造，可以在答辩期间内提出书面异议，并申请法院对转账凭证的真实性进行司法鉴定。这通常涉及对转账记录的电子数据鉴定，以确认其是否被篡改或伪造。
证明转账存在瑕疵或不合理之处：
- 仔细审查转账凭证的内容，如转账时间、金额、收款方信息等，找出可能存在的瑕疵或不合理之处。例如，转账金额与原告主张的借款金额不符，或者转账时间与借款合同约定的时间不一致等。
- 提供相关证据来支持你的观点，如银行流水记录、交易明细等，以证明转账凭证存在瑕疵或不合理之处。
二、针对借贷关系是否成立的抗辩与举证
提供相反证据证明未发生借贷事实：
- 如果被告主张虽然收到了转账，但该转账并非基于借贷关系，可以提供相应的证据来证明。例如，银行转账记录显示转账前双方有其他资金往来，或者证人证言证明转账时双方并未达成借贷合意等。
- 特别是当原告主张以现金方式交付借款时，被告可以提供其当天的银行流水记录，显示在该时间段内并无相应的大额现金存入记录，以反驳原告的主张。
证明转账是基于其他法律关系形成：
- 有时候，转账可能是基于其他法律关系而发生，如买卖合同关系、赠与关系等。被告可以提供相关证据来证明双方之间的真实法律关系，如买卖合同、发货单、收货单、赠与协议等。
- 例如，如果双方之间存在买卖合同关系，且转账金额与货款金额相符，被告可以主张该转账是支付货款而非借款。
三、针对已履行还款义务的抗辩与举证
提供还款凭证：
- 如果被告已经偿还了部分或全部债务，应提供相应的还款凭证，如银行转账记录、收据、支付宝或微信转账记录等。这些凭证应显示还款的时间、金额、收款方信息等，以证明被告已经履行了还款义务。
证明存在抵销情形：
- 若被告认为与原告之间存在其他债权债务关系，且符合法定抵销的条件，可以提供相关证据予以证明。例如，原告尚欠被告货款或其他债务，被告可以主张用这些债权抵销部分或全部借款。
四、针对诉讼时效问题的抗辩与举证
- 证明诉讼时效已过：
- 被告可以审查原告的起诉时间，判断是否已经超过法定的诉讼时效期间。如果超过了诉讼时效，被告可以提出抗辩，并提供相关证据证明诉讼时效的起算时间和经过情况。
- 例如，根据法律规定，一般的民事权利诉讼时效为三年。如果原告主张的债权到期日已超过三年，且没有诉讼时效中断、中止的情形，被告可以提出诉讼时效抗辩。
五、综合建议
- 咨询专业律师：在应对民间借贷纠纷时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。律师可以根据你的具体情况和证据情况，为你制定合适的抗辩策略。
- 全面收集证据：除了上述提到的证据外，被告还应尽可能全面地收集其他相关证据，如聊天记录、通话录音、证人证言等，以支持自己的抗辩主张。
- 注意证据的真实性和合法性：在收集和提供证据时，被告应确保证据的真实性和合法性。不得提供伪造或变造的证据，否则可能面临法律责任。
综上所述，被告在应对民间借贷纠纷时，应从多个方面进行举证和抗辩，以维护自己的合法权益。通过全面收集证据、咨询专业律师并制定合适的抗辩策略，被告可以更好地应对诉讼挑战。