关于建工合同无效时，约定的质保金是否应扣除的问题，结论如下：

1. 合同无效时，质保金条款原则上无效，但质保金的处理需结合工程质量、合同约定及双方过错等因素综合判断。

   • 根据《民法典》第一百五十五条，无效的民事法律行为自始没有法律约束力。因此，建工合同无效时，其中的质保金条款也失去法律效力。
   • 但质保金的处理并非完全脱离法律约束，而是需遵循相关法律法规及司法解释的规定，并考虑公平原则。

2. 若工程质量合格，承包人原则上有权要求返还质保金，但可能受缺陷责任期等条件限制。

   • 根据《民法典》第七百九十三条第一款，建工合同无效但工程经验收合格的，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。这同样适用于质保金的处理，即若工程合格，承包人有权请求返还质保金。
   • 然而，质保金的返还可能受到缺陷责任期的限制。在缺陷责任期内，若工程出现质量问题，发包人有权使用质保金进行维修。因此，即使工程合格，质保金的返还也可能需等待缺陷责任期届满。

3. 若工程质量不合格，质保金可能被用于抵扣修复费用，剩余部分（如有）仍需退还；若保证金不足以覆盖损失，承包人还需补足差额。

   • 根据《民法典》第七百九十三条第二款，建工合同无效且工程经验收不合格的，修复后的工程若仍不合格，承包人无权请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿。这同样适用于质保金的处理，即若工程修复后仍不合格，承包人无权请求退还质保金。
   • 在此情况下，发包人有权要求承包人承担修复费用或赔偿责任。质保金可能被用于抵扣这些费用，若保证金不足以覆盖损失，承包人还需补足差额。

4. 发包人擅自使用未经竣工验收的工程，视为对工程质量认可，承包人有权请求返还质保金。

   • 若建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，人民法院不予支持。这视为发包人对工程质量的认可。
   • 在此情况下，若满足质保金返还的其他条件（如返还期限届满等），承包人有权请求发包人返还质保金。但承包人仍需对地基基础工程和主体结构质量在合理使用寿命内承担责任。

法律建议：

• 明确约定：在签订建工合同时，双方应明确质保金的预留、返还方式、期限及缺陷责任期的相关事项。这有助于减少争议，并确保双方权益得到保障。
• 关注工程质量：工程质量是判断质保金是否应扣除的关键因素。因此，双方应严格把控工程质量，确保工程符合合同约定及法律法规的要求。
• 及时沟通协商：在合同履行过程中，若出现质量问题或争议，双方应及时沟通协商，寻求妥善解决方案。这有助于避免矛盾升级，并减少不必要的法律纠纷。

可能法律后果：

• 若发包人无正当理由扣除质保金，承包人可通过法律途径维护自身权益，如提起诉讼或申请仲裁等。
• 若承包人未能履行保修责任或工程质量不合格导致发包人损失，承包人可能需承担赔偿责任，并影响质保金的返还。

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