综合工时制下，劳动者在法定节假日工作或在综合计算周期内的工作时间超过了法定标准工作时间的，用人单位应当支付加班费。以下是对这一问题的详细解析：
一、综合工时制的基本概念
综合计算工时工作制是一种特殊的工作时间安排制度，它允许企业以周、月、季、年为周期综合计算工作时间。这种制度适用于因工作性质特殊或受自然条件限制，需连续作业且难以按照标准工作时间进行工作的岗位。实行综合工时制的岗位需经过当地区县劳动保障局的批准，未经批准不能任意扩大范围。
二、加班费的支付依据与标准
法定节假日加班：
- 无论劳动者在综合计算周期内的实际工作时间如何，只要在法定节假日提供了劳动，用人单位就必须按照不低于劳动者本人日或小时工资的300%支付加班工资。这一规定是强制性的，且不能以调休或补休来替代。
- 计算公式：法定节假日加班费 = 法定节假日工作小时数 × 小时工资 × 300%。
- 小时工资计算方法：月工资收入 ÷（月计薪天数21.75天 × 8小时）。
综合计算周期内工作时间超过法定标准工作时间：
- 在综合计算周期内，如果劳动者的实际工作时间总数超过了该周期的法定标准工作时间总数（如某季度为500小时），那么超出部分应视为延长工作时间。对于这部分超时工作，用人单位应按照不低于劳动者本人小时工资的150%支付加班工资。
- 计算公式：延长工作时间的加班费 = 延长工作小时数 × 小时工资 × 150%。
综合计算周期内未超过法定标准工作时间：
- 如果劳动者的实际工作时间总数在综合计算周期内未超过法定标准工作时间总数（即使在某一日或某一周内超过了标准工作时间），则通常不视为加班，用人单位无需支付加班费。例如，以月为计算周期，员工全月累计工作时间未超过166.64小时，则不存在加班情况。
休息日工作的特殊情况：
- 在综合工时制下，如果劳动者在休息日工作且用人单位不能安排补休的，一般应按照不低于本人日或小时工资标准的2倍计算加班费。不过，这一点可能因地区而异，部分地区可能有特别规定，如上海市就规定在综合计算周期内，如果劳动者的实际工作时间总数未超过该周期的法定标准工作时间总数，只是某一具体日（或周、月、季）超过法定标准工作时间，其超过部分不应视为延长工作时间，不支付加班费。
三、注意事项
- 地区差异：各地对于综合工时制的具体规定和操作可能存在差异，企业在实施时应参照当地法律法规和政策执行。
- 补休安排：在综合计算周期内，如果某一具体日（或周）的实际工作时间超过标准，且能安排补休的，应优先安排补休，以减少加班费的支出。
- 合同约定：如果劳动合同中有明确的加班费计算方式，且该方式不违反法律法规的强制性规定，则应优先按照劳动合同的约定执行。
四、实际案例
假设某员工实行综合工时制，以月为计算周期，其月工资为5000元。在某个月中，该员工工作了180小时，其中包含了4小时的法定节假日工作。那么，该员工的加班费应如何计算呢？
法定节假日加班费：
- 小时工资 = 5000 ÷（21.75 × 8）≈ 28.74元/小时
- 法定节假日加班费 = 4 × 28.74 × 300% ≈ 344.88元
延长工作时间加班费：
- 由于该员工全月累计工作时间未超过166.64小时的标准（此处为假设说明，实际应依据具体周期和法定标准），所以不存在延长工作时间的加班费。但如果实际工作时间超过了法定标准，如工作了190小时，则超出部分（190-166.64=23.36小时）应按照150%的标准支付加班费。
总结：综合工时制下的加班费计算需根据具体的工作时间和安排来确定，并应严格遵守相关法律法规的规定。作为劳动者，应了解自己的工作时间和加班费计算方式，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。