结论：在您主责且需向对方支付5000元医疗费的情况下，您可以先申请工伤赔偿，但需注意工伤赔偿与交通事故赔偿（即您需承担的对方医疗费）是两个独立的法律关系，互不影响。以下从不同角度为您详细分析：

一、工伤赔偿与交通事故赔偿的独立性

1. 法律关系不同：

   • 工伤赔偿是基于您与用人单位之间的劳动关系，因工作原因受到事故伤害而产生的赔偿。
   • 交通事故赔偿则是基于您与对方之间的侵权关系，因您的过错导致对方受伤而产生的赔偿。

2. 赔偿项目与标准：

   • 工伤赔偿包括医疗费、停工留薪期工资、伤残补助金等，具体标准依据《工伤保险条例》及相关规定。
   • 交通事故赔偿包括医疗费、误工费、护理费等，具体标准依据《民法典》侵权责任编及相关司法解释。

3. 互不影响原则：

   • 您因工伤获得的赔偿，不影响您因交通事故需向对方承担的赔偿责任。
   • 同样，您因交通事故需向对方支付的医疗费，也不影响您申请工伤赔偿的权利。

二、申请工伤赔偿的流程与注意事项

1. 申请工伤认定：

   • 您应在事故发生之日起30日内，向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
   • 需提交的材料包括：工伤认定申请表、与用人单位存在劳动关系的证明材料、医疗诊断证明等。

2. 劳动能力鉴定：

   • 经治疗伤情相对稳定后，存在残疾、影响劳动能力的，应进行劳动能力鉴定。
   • 鉴定结果将作为确定伤残补助金等赔偿项目的依据。

3. 申请工伤赔偿：

   • 根据工伤认定和劳动能力鉴定结果，向工伤保险机构或用人单位申请工伤赔偿。
   • 赔偿项目包括医疗费、停工留薪期工资、一次性伤残补助金等。

4. 注意事项：

   • 确保在规定时间内申请工伤认定，逾期可能影响赔偿权益。
   • 保留好所有与工伤相关的医疗记录、费用单据等证据材料。

三、交通事故赔偿的处理

1. 责任划分：

   • 根据交通事故责任认定书，确定您与对方各自的责任比例。
   • 在您主责的情况下，您需承担对方医疗费等损失的相应比例（如50%或更高，具体根据责任认定）。

2. 赔偿协商与诉讼：

   • 您可以与对方协商赔偿事宜，达成赔偿协议。
   • 若协商不成，对方可能向法院提起诉讼，要求您承担赔偿责任。

3. 赔偿支付：

   • 根据协商结果或法院判决，向对方支付医疗费等赔偿款项。
   • 保留好支付凭证，以备后续需要。

四、综合建议

1. 及时申请工伤认定：不要因处理交通事故而耽误工伤认定的申请时间。
2. 保留证据材料：妥善保管所有与工伤和交通事故相关的证据材料。
3. 咨询专业律师：在处理过程中如有疑问或需要法律帮助，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业建议。