结论前置：罚款从工资扣除，可以在职期间申请劳动仲裁，但需结合罚款的性质、依据及法律规定综合判断。以下从法律依据、可仲裁情形、不可仲裁情形及操作建议四个维度展开分析：

一、法律依据与核心原则

根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条，因劳动报酬等发生的争议属于劳动仲裁范围。罚款作为用人单位对劳动者的经济处罚，若涉及克扣工资或违反法定程序，可能构成劳动争议。具体来说：

• 合法罚款：基于法定事由（如劳动者失职造成损失）且符合程序的罚款，通常不视为违法，但需确保罚款金额合理且与过错程度匹配。
• 非法罚款：以“乐捐”等名义变相扣款、无制度依据的罚款，或罚款导致实际收入低于当地最低工资标准，可能被认定为克扣工资，此时劳动者有权申请劳动仲裁。

二、可申请仲裁的情形

1. 罚款缺乏制度依据

   • 用人单位未通过民主程序制定罚款制度，或制度内容违反法律法规（如设定过高罚款金额）。
   • 示例：某公司临时决定对迟到员工罚款500元/次，但未写入规章制度且未经职工代表大会讨论，此时劳动者可申请仲裁。

2. 罚款性质实为克扣工资

   • 罚款直接从工资中扣除，导致实际收入低于当地最低工资标准。
   • 数据参考：若某地月最低工资为2300元，罚款后实发工资不足此数额，则涉嫌违法，劳动者可申请仲裁要求返还罚款并补发工资差额。

3. 罚款程序违法

   • 未告知劳动者罚款事由、未提供申诉渠道，或未出具书面通知。
   • 案例：某公司以“工作失误”为由口头通知罚款，拒绝提供书面说明及证据，此时劳动者可申请仲裁主张罚款无效。

4. 罚款目的不正当

   • 以罚款替代管理责任，如设备故障导致的损失全部由操作者承担，且罚款金额明显超出合理范围。

三、不可仲裁或难以支持的情形

1. 合法合规的罚款

   • 制度经民主程序制定并公示，罚款金额合理且与过错程度匹配。
   • 示例：员工因重大过失造成公司10万元损失，按制度赔偿20%（即2万元），剩余部分由公司承担，此时仲裁可能不支持劳动者返还罚款的请求。

2. 非劳动关系纠纷

   • 劳务关系中的罚款（如兼职人员）、民事合同约定的违约金不属于劳动仲裁范畴，需通过其他途径解决。

3. 证据不足的争议

   • 劳动者无法证明罚款事实存在或制度违法，如未保存罚款通知书、工资条等证据，此时仲裁可能因证据不足而不予支持。

四、操作建议

1. 收集证据

   • 保存工资条、罚款通知书、公司制度文件、沟通记录（如邮件、录音）等材料，以证明罚款违法或克扣工资的事实。

2. 协商与投诉

   • 先与公司人事部门沟通，要求解释罚款依据并协商解决；若协商无果，可向劳动监察大队投诉，请求调查制度合法性。

3. 申请仲裁

   • 在知道权利被侵害之日起一年内提出仲裁申请，明确诉求（如返还罚款、补发工资差额）并提供充分证据。
   • 流程指引：
     1. 提交书面申请：向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会递交申请书。
     2. 准备证据材料：包括劳动合同、工资条、罚款通知单、公司规章制度文本等。
     3. 参与庭审辩论：在仲裁庭陈述主张，质证对方证据，就罚款合法性进行辩论。

4. 法律救济

   • 对仲裁结果不服的，可在收到裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼，继续维护自身权益。

总结：罚款从工资扣除时，劳动者有权在职期间申请劳动仲裁，但需确保罚款违法或克扣工资的事实存在，并收集充分证据支持主张。如有疑问或需要进一步帮助，可直接向我咨询，我将根据你的具体情况提供详细的法律建议。