结论：行政诉讼中，法庭调查阶段法官未看案卷以及限制原告只能质证三个证据的行为，一般是不合法的。以下从不同角度进行详细分析：

法庭调查阶段法官的职责与行为规范

在行政诉讼的法庭调查阶段，法官的主要职责是查明案件事实，确保诉讼的公正、公平进行。这要求法官必须全面、客观地审查案件材料，包括原告、被告提交的证据，以及法庭依职权收集的证据。法官未看案卷，显然无法全面了解案件情况，难以履行其查明事实的职责，这一行为违反了法官应全面审查案件材料的基本要求。

质证环节的法律规定与原则

质证是行政诉讼中的重要环节，它允许当事人对对方提交的证据进行质疑、辩驳，以揭示证据的真实性、合法性和关联性。根据《中华人民共和国行政诉讼法》及相关司法解释的规定，当事人有权对对方提交的证据进行质证，且质证的范围应涵盖所有与案件事实相关的证据。法官限制原告只能质证三个证据，显然剥夺了原告对其他证据进行质证的权利，违反了质证环节的基本原则。

可能的法律后果与救济途径

1. 法律后果：法官的上述行为可能构成程序违法，影响案件的公正审理。如果因此导致案件事实认定不清或判决结果不公，当事人有权提出上诉或申请再审，要求撤销原判决并重新审理。

2. 救济途径：

   • 当庭提出异议：在法庭调查或质证过程中，如果原告发现法官存在未看案卷或限制质证证据数量的行为，可以当庭提出异议，要求法官纠正。
   • 上诉或申请再审：如果案件已经判决，且原告认为法官的上述行为影响了判决结果，可以在法定期限内提出上诉或申请再审，要求撤销原判决并重新审理。
   • 投诉或举报：原告还可以向相关司法机关投诉或举报法官的违法行为，要求对其进行处理。

实际操作中的建议

1. 保留证据：原告应妥善保管所有与案件相关的证据材料，包括提交给法庭的证据清单、证据复印件等，以备在需要时提供证明。
2. 记录庭审过程：如果条件允许，原告可以记录庭审过程，特别是法官的言行举止和庭审程序，以便在需要时提供证明。
3. 及时咨询律师：在行政诉讼过程中，原告应及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果和救济途径。

作为张敬辉律师，我提醒您：在行政诉讼中，法庭调查阶段法官的职责是查明案件事实，确保诉讼的公正、公平进行。如果法官存在未看案卷或限制质证证据数量的行为，原告有权提出异议并寻求救济。如果您在行政诉讼中遇到类似问题，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。