结论：公司因员工持国外商务签证打工而要求回国并扣费用的行为是否合法，需根据具体情况判断，包括劳动合同、公司规章制度、员工行为性质及造成的损失等因素。

分析如下：

1. 劳动合同与公司规章制度：

   • 首先，要查看员工与公司签订的劳动合同中是否有关于签证类型、工作性质、违约责任等条款的约定。如果合同中明确规定了员工必须持有特定类型的签证才能从事某项工作，而员工违反了这一规定，公司可能依据合同条款采取相应的措施。
   • 其次，公司规章制度也是判断公司行为合法性的重要依据。如果公司规章制度中明确规定了对于违反签证规定的行为将采取何种处罚措施，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司可能依据规章制度要求员工承担相应的责任。

2. 员工行为性质：

   • 员工持国外商务签证打工，可能涉及签证欺诈或违反签证规定的行为。如果这种行为被相关政府部门发现并处罚，公司可能因此受到牵连或面临声誉损失。在这种情况下，公司可能要求员工承担因违规行为给公司造成的损失。
   • 然而，如果员工的行为并未给公司造成实际损失，或者公司无法证明损失与员工行为之间的直接因果关系，那么公司要求员工承担费用的行为可能缺乏合法依据。

3. 扣费用的合法性：

   • 公司要求员工承担费用，必须基于合法、合理的依据。如果公司无法提供充分的证据证明员工的行为给公司造成了损失，或者扣费用的金额与损失金额不成比例，那么公司的行为可能构成违法扣费。
   • 此外，即使员工的行为确实给公司造成了损失，公司也应当通过合法途径（如诉讼、仲裁等）来追偿损失，而不是单方面扣减员工的费用。

4. 可能的法律后果：

   • 如果公司的行为被认定为违法扣费，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁、诉讼等法律程序来维护自己的合法权益。
   • 公司可能因此面临行政处罚、民事赔偿等法律责任，同时还会对公司的声誉和形象造成负面影响。

建议：

• 对于员工而言，如果公司要求回国并扣费用，应当首先查看劳动合同和公司规章制度中是否有相关规定，并评估自己的行为是否确实违反了这些规定。如果认为公司的行为不合法或不合理，可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
• 对于公司而言，应当加强签证管理和员工培训，确保员工了解并遵守签证规定和公司规章制度。在处理类似事件时，应当遵循合法、合理的原则，避免采取过激或违法的行为。

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