结论：工地厕所太远导致拉肚子被罚5000元，这一处罚行为很可能不合法。以下从多个角度进行分析：
一、处罚的合法性基础
公司规章制度的合法性：
- 公司对员工进行处罚，必须基于合法、合理且经过民主程序制定的规章制度。如果公司规章制度中并未明确规定“因厕所远导致拉肚子”为可处罚的行为，或者该规定本身违反了法律法规的强制性规定，那么公司以此为由对员工进行处罚就是不合法的。
处罚的合理性：
- 即便公司规章制度中有相关规定，也需要考虑处罚的合理性。罚款5000元对于一般员工来说，可能是一个相对较大的数额，需要评估该处罚是否与员工的过错程度相适应，是否过于严厉。
二、具体情境分析
厕所远是否构成过错：
- 员工因工地厕所太远而拉肚子，这更多是由于工地设施不完善或管理不当导致的，而非员工主观上的过错。因此，将此作为处罚员工的理由，可能缺乏合理性。
处罚与劳动法的冲突：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位不得随意对员工进行罚款。除非员工因故意或重大过失给用人单位造成损失，且该损失与员工的过错有直接因果关系，否则用人单位无权对员工进行罚款。在此案例中，员工拉肚子并未给公司造成直接损失，且非员工主观故意或重大过失导致，因此公司罚款行为可能违反劳动法。
三、法律建议
与公司协商：
- 员工可以首先尝试与公司进行协商，说明情况并请求撤销或减轻处罚。在协商过程中，可以引用相关法律法规，强调公司处罚行为的违法性和不合理性。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉公司的违法行为。劳动监察部门有权对公司进行调查，并根据调查结果作出相应的处理决定。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果劳动监察部门的处理结果未能满足员工的诉求，员工还可以考虑申请劳动仲裁或提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
四、可能的法律后果
- 如果公司确实存在违法行为，且员工通过合法途径进行了维权，那么公司可能需要承担撤销处罚、赔偿员工损失等法律责任。同时，公司还可能面临劳动监察部门的行政处罚，如罚款、责令改正等。
总结：工地厕所太远导致拉肚子被罚5000元，这一处罚行为很可能不合法。员工可以通过与公司协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等途径来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。