结论：是否罚款不能一概而论，需结合具体情况判断，一般不建议直接罚款，但可通过合理制度管理。

1. 从法律合规性角度
   根据《劳动合同法》及相关规定，用人单位对员工罚款需有明确法律依据或规章制度支持。若公司规章制度中未明确规定“迟到且因拉肚子等个人原因可罚款”，或未经过民主程序（如职工代表大会讨论）公示，直接罚款可能涉嫌违法。即使制度合法，罚款金额也需合理，通常不得超过当月工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。

2. 从合理性角度
   员工迟到因拉肚子属于突发健康问题，具有不可抗力性质。若员工能提供医疗证明（如医院诊断书），说明迟到确因身体不适，公司应体现人文关怀，不宜直接罚款。若员工无法证明或频繁以“拉肚子”为由迟到，公司可先通过警告、扣减绩效等方式管理，而非直接罚款。

3. 从企业管理角度
   建议公司通过完善考勤制度解决问题：

   • 明确“迟到”的定义（如迟到超过30分钟视为旷工半天）；
     
   • 规定“因病迟到需在24小时内补交医疗证明，否则按事假处理”；
     
   • 对突发情况（如突发疾病）设置弹性处理机制（如允许事后补假、扣减调休等）。
     这样既能维护纪律，又能避免法律风险。

建议行动：若公司已罚款，员工可先与公司沟通，要求说明罚款依据；若公司无法提供合法依据，员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。若您需要进一步帮助（如审核公司制度、起草合法合规的考勤规定），可直接向我咨询。