针对您提出的“员工离职了，工资只发放没申报会怎么样”的问题，这实际上涉及到的是工资发放与申报的合规性问题，以及员工在遇到此类情况时应如何维护自身权益。以下是我为您提供的详细解答：
一、工资发放与申报的合规性
首先，需要明确的是，工资发放与申报是用人单位的法定义务。用人单位应当按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬，并依法进行申报。如果用人单位只发放了工资但没有进行申报，这可能涉及到税务、社保等方面的合规问题，对用人单位而言可能面临法律风险和处罚。
二、员工应如何应对
确认工资发放情况：
- 员工应首先确认自己的工资是否已经足额发放。可以通过查看工资条、银行转账记录等方式进行核实。
了解申报情况：
- 如果员工对工资的申报情况有疑问，可以向用人单位的人力资源部门或财务部门进行咨询，了解工资是否已经依法申报。
与用人单位沟通：
- 如果发现工资未申报或申报有误，员工应与用人单位进行友好沟通，要求用人单位尽快进行申报或更正。在沟通过程中，员工可以保留好相关证据，如邮件、聊天记录等，以备后续需要。
向相关部门投诉：
- 如果与用人单位沟通无果，员工可以向当地的劳动行政部门或税务部门进行投诉。投诉时，员工需要提供相关证据，如劳动合同、工资条、银行转账记录等，以证明自己的权益受到了侵害。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果投诉未能解决问题，员工还可以在规定时效内（一般为自劳动争议发生之日起一年）向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或向有管辖权的人民法院提起诉讼。在申请仲裁或提起诉讼时，员工需要提交相关证据材料，以支持自己的诉求。
三、注意事项
- 保留证据：在整个过程中，员工应特别注意保留好各种证据，包括但不限于劳动合同、工资条、银行转账记录、与用人单位的沟通记录等。这些证据将有助于员工证明自己的权益受到了侵害，并支持自己的诉求。
- 及时行动：申请劳动仲裁的时效通常为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，员工应及时收集证据并在时效内采取行动，以避免错过维权时机。
四、建议
- 为了避免类似情况的发生，建议员工在入职时与用人单位明确工资的发放标准和时间、申报方式等事项，并在劳动合同中予以明确约定。
- 同时，员工也应定期关注自己的工资发放和申报情况，确保自己的权益得到保障。
综上所述，如果员工离职后发现工资只发放没申报，应通过与用人单位沟通、向相关部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等途径来维护自身权益。同时，也建议在入职时与用人单位明确相关事项，以避免后续纠纷的发生。