结论：因公司克扣工资和超长加班而申请劳动仲裁解除劳动合同，能否拿到赔偿款取决于具体情况。若公司存在违法行为，您有权要求支付经济补偿或赔偿金。

详细分析：

1. 公司克扣工资：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条，用人单位未及时足额支付劳动报酬的，劳动者可以解除劳动合同。
   • 在此情况下，您有权要求公司支付拖欠的工资，并可能根据工作年限获得经济补偿。经济补偿的计算方式为：每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。这里的月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。

2. 公司超长加班：

   • 如果公司安排加班但未依法支付加班费，或者加班时间超过法定标准，这也构成违法行为。
   • 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，用人单位安排劳动者加班的，应当支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬。具体标准为：工作日加班支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日加班又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日加班的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
   • 若公司未支付加班费，您同样有权要求支付，并可能因此获得经济补偿。

3. 解除劳动合同与赔偿：

   • 若您因公司克扣工资和超长加班而申请劳动仲裁并解除劳动合同，且仲裁裁决或法院判决认定公司存在违法行为，您有权要求公司支付经济补偿。
   • 如果公司违法解除劳动合同（例如，在您未提出解除劳动合同的情况下，公司单方面解除），您还有权要求公司支付赔偿金，赔偿金的标准是经济补偿标准的二倍。

建议行动：

• 收集证据：保留与公司克扣工资、超长加班相关的证据，如工资条、加班记录、劳动合同等。
• 申请劳动仲裁：向当地劳动仲裁委员会提交仲裁申请，详细陈述公司违法行为及您的诉求。
• 寻求法律援助：如有需要，可以寻求专业律师的帮助，以确保您的权益得到充分保障。

可能后果：

• 若仲裁裁决或法院判决支持您的诉求，公司将需要支付拖欠的工资、加班费、经济补偿或赔偿金。
• 若公司拒不执行裁决或判决，您还可以申请法院强制执行。

总结：因公司克扣工资和超长加班而申请劳动仲裁解除劳动合同，您有可能获得赔偿款，具体取决于公司是否存在违法行为以及仲裁或法院的裁决结果。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。