虚开发票已缴纳税款到检察院阶段，案件将进入刑事司法程序，需结合具体情节和司法机关要求处理，核心要点如下：

1. 案件性质与法律后果
   虚开发票行为涉嫌《刑法》第二百零五条规定的虚开发票罪，若已移送检察院审查起诉，说明公安机关已完成侦查并认为构成犯罪。即使已补缴税款，仍可能面临刑事处罚，但补缴税款属于从轻处罚情节，可争取减轻量刑幅度。

2. 检察院阶段的核心流程

   • 审查起诉：检察院将审查案件证据是否充分、定性是否准确，可能要求补充侦查或直接提起公诉。
     
   • 认罪认罚从宽：若嫌疑人自愿认罪认罚，检察院可出具量刑建议，法院通常采纳。补缴税款、缴纳罚款或罚金可进一步体现悔罪态度，影响量刑。
     
   • 退赃退赔：若虚开发票导致国家税款损失，需积极退赔以修复社会关系，此为重要量刑考量因素。

3. 当事人应采取的行动

   • 委托律师介入：律师可查阅案卷、与检察院沟通，提出无罪或罪轻辩护意见（如主观无故意、情节轻微等），并协助申请取保候审。
     
   • 配合调查与退赔：主动配合司法机关调查，退还非法所得及补缴税款，避免被认定为“拒不认罪”而加重处罚。
     
   • 争取不起诉或缓刑：若情节较轻（如虚开税额较小、初犯），律师可争取检察院作出相对不起诉决定；若已起诉，可争取适用缓刑。

4. 可能面临的处罚与例外

   • 刑事处罚：虚开发票罪量刑幅度为二年以下有期徒刑、拘役或管制，并处罚金；情节严重者（如虚开税额巨大）可处二至七年有期徒刑。
     
   • 行政处罚衔接：若税务机关已作出行政处罚（如罚款），法院在量刑时会考虑“一事不再罚”原则，避免重复处罚。
     
   • 单位犯罪：若为单位行为，直接负责的主管人员和其他责任人员需承担刑事责任，单位可能被判处罚金。

建议：立即委托专业刑事律师介入，结合案件细节（如虚开金额、主观故意、是否造成税款损失等）制定辩护策略，最大限度争取从宽处理。如有进一步案情细节，可直接向我咨询。