核心结论：虚开发票案件进入法院审理阶段后，税务机关的处理方式主要围绕行政处罚、税款追缴、与司法机关协作及后续监管展开，具体处理需结合案件性质、涉税金额及违法情节综合判定。以下是详细分析：

1. 税务机关的行政处罚权

根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条，虚开发票（包括为他人、为自己开具与实际经营业务不符的发票，或让他人为自己开具、介绍他人开具此类发票）属于偷税行为。税务机关可对纳税人处以偷税数额50%至5倍的罚款。若案件已进入法院审理阶段，税务机关仍可独立作出行政处罚决定，但需注意与司法判决的衔接，避免重复处罚。

关键点：

• 处罚依据：以虚开发票导致的少缴税款为基数计算罚款；
• 程序要求：处罚前需履行告知、听证等程序，保障纳税人陈述申辩权；
• 执行限制：若法院已对同一行为作出刑事判决（如虚开增值税专用发票罪），税务机关可能不再重复处罚，但可要求补缴税款及滞纳金。

2. 税款及滞纳金的追缴

无论案件是否进入司法程序，税务机关均有权要求纳税人补缴因虚开发票而少缴的税款，并加收滞纳金（日万分之五）。若纳税人未在规定期限内缴纳，税务机关可采取强制执行措施（如查封、扣押财产），或申请法院强制执行。

实务提示：

• 补缴范围：包括增值税、企业所得税等因虚开发票导致的少缴税款；
• 滞纳金计算：从税款缴纳期限届满次日起算，至实际缴纳日止；
• 优先权：税款及滞纳金优先于普通债权受偿。

3. 与司法机关的协作

若法院已受理虚开发票刑事案件（如涉嫌虚开增值税专用发票罪），税务机关需配合司法机关调查，提供涉税数据、发票流向等证据。同时，税务机关可能根据法院判决结果调整行政处理：

• 刑事判决影响行政处理：若法院认定构成犯罪，税务机关一般不再对同一行为作出行政处罚，但可要求补缴税款；
• 行政处理先行：若税务机关已作出行政处罚，法院在刑事判决中可酌情考虑已处罚情况，避免“一事再罚”。

4. 后续监管与信用惩戒

虚开发票行为将被纳入税务信用体系，纳税人可能面临：

• 纳税信用等级降级（如从A级降至D级），影响发票领用、出口退税等权益；
• 联合惩戒：通过“信用中国”平台向社会公示，限制高消费、政府采购等；
• 持续监控：税务机关可能对涉案企业加强后续检查，要求定期报送涉税资料。

5. 纳税人救济途径

若对税务处理决定不服，纳税人可依法申请行政复议或提起行政诉讼。但需注意：

• 复议前置：对补缴税款及滞纳金决定不服的，需先申请行政复议，对复议结果不服方可起诉；
• 诉讼时效：自知道税务机关作出具体行政行为之日起6个月内提出。

建议：若您或企业涉及虚开发票案件，建议立即梳理涉税数据、发票流向等证据，主动配合税务机关调查，争取从轻处理（如首次违法且情节轻微，可能免予处罚）。如有具体问题，可直接向我咨询，我将结合案件细节提供针对性方案。