结论前置：虚开发票进项税额转出后，法院的处理方式需结合具体案情，通常涉及刑事处罚、行政处罚及民事责任承担，具体如下：
1. 刑事处罚：虚开发票罪的认定与量刑
根据《刑法》第205条，虚开增值税专用发票或用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的，构成虚开发票罪。法院处理时：
- 定罪标准：以虚开税款数额或造成国家税款损失数额为核心。例如，虚开税款数额1万元以上或致使国家税款被骗取5000元以上，即达刑事立案标准。
- 量刑幅度：
- 一般情节：处3年以下有期徒刑或拘役，并处2万-20万元罚金；
- 数额较大或有其他严重情节（如虚开税款数额10万元以上）：处3-10年有期徒刑，并处5万-50万元罚金；
- 数额巨大或有其他特别严重情节（如虚开税款数额50万元以上）：处10年以上有期徒刑或无期徒刑，并处5万-50万元罚金或没收财产。
- 进项税额转出的影响：若企业已将虚开发票的进项税额转出（即未实际抵扣税款），可能作为从轻处罚情节，但不影响定罪，仅可能减少量刑幅度。
2. 行政处罚：税务机关的追缴与罚款
即使进项税额已转出，税务机关仍可能对虚开行为进行行政处罚：
- 追缴税款：要求企业补缴因虚开发票可能涉及的增值税、企业所得税等；
- 罚款：根据《税收征收管理法》第63条，对偷税行为处不缴或少缴税款50%至5倍罚款；
- 滞纳金：从税款滞纳之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。
- 信用惩戒：将企业列入税收违法“黑名单”，限制高消费、出境等。
3. 民事责任：合同无效与赔偿
若虚开发票涉及民事合同：
- 合同效力：根据《民法典》第154条，以虚开发票为目的的合同可能被认定为恶意串通损害国家利益，合同无效；
- 赔偿义务：企业需向合同相对方承担违约责任（如赔偿损失），或因合同无效返还已收款项。
4. 进项税额转出的法律意义
- 税务合规层面：转出行为表明企业未实际骗取税款，可能减少税务机关的处罚力度；
- 刑事辩护层面：可作为辩护人主张“未造成国家税款损失”的依据，但需结合其他证据（如发票流向、资金回流等）综合判断。
实务建议
- 主动补缴税款：若发现虚开发票，应立即转出进项税额并补缴税款，争取从轻处理；
- 配合调查：积极配合税务、司法机关调查，提供完整账目资料；
- 法律程序：在刑事诉讼中，可委托律师提出“未造成税款损失”“主观恶性较小”等辩护意见。
如有具体案情或证据材料，可直接向我咨询，我将结合细节进一步分析。