关于您提出的“取得虚开发票进项税额转出文件怎么处理”的问题，以下是一个清晰、详细且有深度的解答：

首先，我们要明确“善意取得虚开增值税专用发票”的定义。这指的是在购货方与销售方之间存在真实交易的情况下，购货方在不知情的状态下取得了非法手段获得的增值税专用发票。尽管交易是真实的，但由于发票的取得方式不合法，因此不能按照正常的税务流程进行处理。

接下来，针对进项税额的转出处理，我们需要根据发现虚开发票的时间点来采取不同的账务处理策略：

1. 当期发现且未进行账务处理：

   • 如果企业在当期就发现了取得的增值税专用发票是虚开的，并且还没有进行任何账务处理，那么应该直接将这张发票对应的进项税额计入相关的成本费用科目。例如，可以借记“原材料”等科目，贷记“银行存款”等科目。

2. 当期发现但已进行账务处理：

   • 如果企业已经对这张发票进行了账务处理（即已经抵扣了进项税额），那么就需要做进项税额的转出处理。具体操作是：首先冲销原来已经抵扣的进项税额；然后，将转出的进项税额计入相关的成本费用科目，比如“库存商品”或“营业外支出”。

3. 以后期间发现：

   • 如果企业在以后的某个期间才发现取得的增值税专用发票是虚开的，并且前期已经将相关的成本费用结转至损益科目，那么就需要根据企业会计准则或小企业会计准则的规定来调整。对于执行企业会计准则的企业，可能需要调整以前年度的损益；对于执行小企业会计准则的企业，则可能直接计入当期损益。同时，还需要考虑所得税的调整和利润分配的影响。

在处理完账务之后，企业还需要进行税务申报与调整。在增值税纳税申报表中，企业需要如实反映进项税额的转出情况。如果之前已经抵扣了这部分进项税额，那么在申报时就需要进行相应的调整，以确保税务处理的准确性。

最后，为了加强后续管理与防范类似情况的发生，企业应该加强供应商管理，确保取得的发票来源合法、真实有效；定期对账务进行自查和审计，及时发现并纠正可能存在的问题；同时加强与税务机关的沟通与合作，及时了解最新的税收政策和法规变化，确保企业的税务处理始终符合法律法规的要求。

综上所述，处理取得虚开发票进项税额转出文件是一个涉及多个方面的复杂问题，企业需要严格按照税法规定进行处理，并根据发现时间点的不同采取不同的账务处理策略。同时，加强后续管理与防范也是至关重要的。