核心结论：虚开发票案件中，即使税款和滞纳金已缴纳，仍可能面临行政处罚，但处罚力度可能因补缴行为有所减轻。具体处罚需结合案件情节、补缴主动性等因素综合判断。以下是详细分析：

1. 行政处罚的法律依据与可能性

根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十五条，虚开发票的，由税务机关没收违法所得；虚开金额在1万元以下的，可以并处5万元以下罚款；虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
关键点：

• 行政处罚的启动不因税款和滞纳金已缴纳而必然免除，税务机关仍可对虚开发票行为本身进行处罚。
  
• 处罚力度需结合虚开金额、情节严重性（如是否为首次违法、是否造成税款损失等）综合判定。

2. 已缴纳税款和滞纳金的影响

• 税款补缴：若虚开发票导致少缴税款，补缴税款是履行法定义务的表现，可视为“从轻或减轻处罚”的情节，但非免责理由。
  
• 滞纳金缴纳：滞纳金是税款逾期缴纳的法定后果，其缴纳仅表明对逾期责任的承担，不影响行政处罚的独立性。
  实践倾向：税务机关可能将补缴行为作为“认错态度较好”的考量因素，在法定幅度内从轻处罚（如降低罚款比例）。

3. 检察院退回公安后的处理逻辑

• 程序意义：检察院退回公安要求行政处罚，通常表明案件未达到刑事立案标准（如虚开金额未达刑事追诉标准、主观恶性较低等），转由行政程序处理。
  
• 行政与刑事衔接：根据《行政执法机关移送涉嫌犯罪案件的规定》，行政机关需将涉嫌犯罪案件移送公安机关，但若公安机关认为不构成犯罪，应退回行政机关处理。此时，行政机关仍可依法作出行政处罚。

4. 可能的处罚结果

• 罚款：根据虚开金额，可能面临5万元至50万元罚款（若虚开金额超过1万元）。
  
• 没收违法所得：若虚开发票存在非法获利（如收取“开票费”），违法所得将被没收。
  
• 信用惩戒：税务机关可能将虚开发票行为纳入税收违法“黑名单”，影响企业或个人信用评级。
  例外情形：若虚开发票情节轻微（如金额极小、未造成税款损失、主动纠正等），可能适用《行政处罚法》第三十三条“首违不罚”或“不予行政处罚”规定。

5. 建议行动方向

• 主动配合调查：向税务机关说明补缴税款和滞纳金的情况，提交相关凭证（如完税证明、银行转账记录等），争取从轻处罚。
  
• 申请听证或复议：若对处罚决定不服，可依法申请听证或行政复议，主张补缴行为应作为从轻情节。
  
• 完善合规管理：建立发票管理制度，避免再次出现虚开行为，降低后续法律风险。

总结：虚开发票案件中，税款和滞纳金的缴纳是履行法定义务的表现，但行政处罚的独立性不受影响。最终处罚需结合案件情节、补缴主动性等因素综合判定，建议积极配合税务机关调查并主张从轻情节。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件细节。