针对您提出的“不以主观骗税为目的的虚开专用发票税金90万检察院怎么处理”的问题，以下是我的专业分析：

核心结论：不以主观骗税为目的的虚开专用发票行为，虽然可能不涉及骗税的主观故意，但仍然可能构成虚开增值税专用发票罪，检察院会根据具体情况进行处理，可能包括起诉至法院并建议相应的刑罚。

分析说明：

1. 罪名认定：虚开增值税专用发票罪并不完全以骗税为目的。根据相关法律规定，只要行为人实施了虚开增值税专用发票的行为，且达到了法定的数额标准，就可能构成此罪。因此，即使行为人没有主观骗税的故意，但只要其虚开了专用发票，且税金数额达到了90万，就可能面临刑事责任的追究。

2. 检察院的处理流程：

   • 审查案件材料：检察院会仔细审查案件材料，包括虚开专用发票的具体情况、行为人的供述与辩解、相关证据等，以确定案件事实。
   • 评估证据：检察院会评估现有证据是否充分、合法，能否证明行为人实施了虚开专用发票的行为。
   • 决定是否起诉：如果检察院认为证据确凿、充分，且行为人的行为构成了虚开增值税专用发票罪，那么检察院会依法向法院提起公诉，并建议相应的刑罚。

3. 可能的刑罚：根据虚开专用发票的数额大小、情节严重程度以及行为人的悔罪表现等因素，法院可能会判处行为人有期徒刑、拘役、罚金等刑罚。具体刑罚的轻重，需要由法院根据案件的具体情况来裁定。

综上所述，不以主观骗税为目的的虚开专用发票行为仍然可能构成犯罪，并受到法律的制裁。如果您或您身边的人涉及此类问题，建议尽快咨询专业律师，以便更好地了解自己的法律责任和应对策略。