结论：员工主动申请2个月后离职，现在协商后要赔偿是否合法，需根据具体情况判断，包括协商内容、员工离职原因、公司规章制度以及相关法律法规等。以下从不同角度进行分析：
协商赔偿的合法性基础：
- 协商一致原则：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。在协商解除劳动合同的过程中，双方可以就经济补偿等事项进行约定。因此，如果员工和公司在协商后达成一致，同意员工离职并支付一定的赔偿，这种协商结果是具有法律效力的。
- 合法合规性：协商赔偿的内容必须合法合规，不能违反法律法规的强制性规定。例如，赔偿金额不能过高或过低，不能存在欺诈、胁迫等情形。
员工离职原因的影响：
- 主动离职：如果员工是主动提出离职，并且没有因公司的违法行为或过错导致离职，那么员工通常无权要求公司支付经济补偿。但是，如果双方在协商过程中，公司同意支付一定的赔偿作为对员工未来就业的帮助或补偿，这种赔偿是合法的。
- 被迫离职：如果员工是因为公司的违法行为或过错（如未按时支付工资、未提供劳动保护等）而被迫离职，那么员工有权要求公司支付经济补偿。在这种情况下，协商赔偿的金额和方式需要符合相关法律法规的规定。
公司规章制度的影响：
- 规章制度合法性：公司的规章制度必须合法合规，不能违反法律法规的强制性规定。如果公司的规章制度中规定了员工离职时需要支付赔偿的条款，并且这些条款是合法合规的，那么员工在离职时可能需要按照规章制度支付赔偿。
- 规章制度适用性：即使公司的规章制度中规定了离职赔偿的条款，也需要考虑这些条款是否适用于当前的情况。例如，如果员工是主动离职且没有违反公司规章制度，那么公司可能无法依据规章制度要求员工支付赔偿。
实际操作建议：
- 明确协商内容：在协商过程中，双方应明确离职时间、赔偿金额、支付方式等具体事项，并签订书面协议以避免后续纠纷。
- 遵守法律法规：协商赔偿的内容必须遵守相关法律法规的规定，不能存在违法违规的情形。
- 保留证据：双方应保留好协商过程中的相关证据，如聊天记录、邮件往来、书面协议等，以备不时之需。
举例说明：假设员工A因个人原因主动提出2个月后离职，并与公司B进行了协商。在协商过程中，公司B同意支付员工A一个月的工资作为离职赔偿，以帮助员工A在离职后过渡。双方签订了书面协议并明确了离职时间和赔偿金额。在这种情况下，协商赔偿是合法的，因为双方已经达成一致，并且协商内容没有违反法律法规的强制性规定。
后续行动建议：如果您或您的公司面临类似情况，建议先仔细审查相关法律法规和公司规章制度，确保协商赔偿的合法性和合规性。如有需要，可以向我咨询具体的法律意见和操作建议。