公司对工伤认定有异议时，不能直接提起诉讼，而是需要先申请行政复议或在特定情况下直接提起行政诉讼。以下是详细的分析和解答：

一、行政复议途径

1. 申请条件：

   • 公司对初次工伤认定结论不服，认为该结论存在错误或不当之处。

2. 申请期限：

   • 根据《工伤保险条例》的规定，公司应在知道该工伤认定结论之日起60日内（法律规定的申请期限超过60日的除外），向作出工伤认定决定的社会保险行政部门的上一级主管部门或者本级人民政府提出行政复议申请。

3. 申请材料：

   • 提交书面复议申请，详细说明不服工伤认定结论的事实和理由，并附上相关证据材料。

二、行政诉讼途径

1. 直接提起诉讼的条件：

   • 公司对工伤认定结论不服，且未选择先申请行政复议，或者对行政复议决定仍不服的。

2. 诉讼期限：

   • 通常应在知道或应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。
   • 若公司已先申请了行政复议并对复议决定不服，则可在收到复议决定书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。

3. 诉讼材料：

   • 提交起诉状，详细陈述诉讼请求、事实和理由，并附上相关证据材料，包括工伤认定结论书、行政复议决定书（如已申请复议）等。

三、劳动能力鉴定结论的异议处理

如果公司对劳动能力鉴定结论有异议，处理方式与工伤认定结论的异议处理有所不同：

1. 再次鉴定申请：
   • 公司可在收到设区的市级劳动能力鉴定委员会作出的鉴定结论之日起15日内，向省、自治区、直辖市劳动能力鉴定委员会提出再次鉴定申请。
   • 申请时需提交完整的材料，包括再次鉴定申请表、初次劳动能力鉴定结论书原件和复印件、工伤认定决定书原件和复印件、有效的诊断证明及相关病历材料等。
   • 省、自治区、直辖市劳动能力鉴定委员会作出的劳动能力鉴定结论为最终结论。

四、注意事项

1. 时间节点：

   • 公司应严格遵守法律规定的时间节点，确保在规定时间内提出异议和申请，以免因逾期而丧失权利。

2. 证据收集：

   • 公司应积极收集和整理相关证据，以支持自己的主张。证据应真实、合法、有效，能够充分证明公司的异议点。

3. 法律程序：

   • 公司应严格按照法律规定的程序进行操作，确保自身的合法权益得到保障。同时，也要尊重员工的权益，确保处理过程的公正性和合法性。

总结与建议：

公司在对工伤认定有异议时，应首先明确异议内容，然后依法选择申请行政复议或提起行政诉讼的途径来维护自身权益。同时，公司也应注意收集和整理相关证据，以支持自己的主张。如果公司对劳动能力鉴定结论有异议，则应在规定时间内向省、自治区、直辖市劳动能力鉴定委员会提出再次鉴定申请。在整个过程中，公司应严格遵守法律程序和时间节点，确保自身的合法权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。