关于您提出的“只有三个月试用期协议是否有效”的问题，这主要取决于您与用人单位签订的劳动合同的期限。
首先，我们需要明确的是，试用期的长短并不是随意约定的，而是受到《中华人民共和国劳动合同法》的明确规定。根据该法第十九条的规定，试用期长短与劳动合同期限长短有直接关系：
现在，我们回到您的问题上来。如果您与用人单位签订的劳动合同期限是两年，那么根据上述规定，试用期最长不得超过二个月。因此，一个只有三个月试用期的协议，在劳动合同期限为两年的情况下，是不合法的。
如果用人单位违反了这一规定，设定了过长的试用期，您有权向劳动行政部门举报，并要求用人单位改正。对于已经履行的超过法定试用期的期间，您还可以按照试用期满月工资为标准，向用人单位主张赔偿金。
总的来说，试用期的设定必须遵循法律法规的规定，不能随意约定。如果您在签订劳动合同时对试用期有疑问或不确定，建议咨询专业的法律人士或劳动行政部门，以确保自己的合法权益得到保障。