如果您的企业综合工时的证没有申请下来，您可以按照以下步骤来处理这个问题：
一、了解申请流程和审批时限
首先，您需要确认是否已经按照正确的流程提交了申请，并且了解了审批部门的法定办结时限和承诺办结时限。通常，审批部门会在收到申请后的一定工作日内作出是否受理的决定，并在受理后的另一段时间内作出是否准予的决定。如果因情况特殊需要延长审查期限，审批部门也会进行相应的说明。
二、检查申请材料
- 材料完整性：请确保您提交的申请材料齐全，没有遗漏任何必要的文件或信息。
- 材料准确性：检查所有提交的材料是否准确无误，包括企业信息、岗位描述、工时计算方式等。
- 材料合规性：确认您的申请材料是否符合审批部门的要求和规定，例如是否使用了正确的表格、是否提供了必要的证明文件等。
三、联系审批部门
- 查询进度：如果您的申请已经提交但长时间没有得到回复，您可以联系审批部门查询申请进度，了解是否需要补充材料或进行其他操作。
- 咨询原因：如果您的申请被拒绝，您可以向审批部门咨询具体原因，以便您能够针对性地进行改进和重新申请。
四、根据反馈进行改进
- 补充材料：如果审批部门指出您的申请材料不完整或需要补充，请尽快按照要求补充材料并重新提交。
- 调整申请内容：如果审批部门指出您的申请内容不符合规定或需要调整，请根据反馈意见对申请内容进行相应的修改和完善。
五、重新申请或寻求其他解决方案
- 重新申请：在根据反馈进行改进后，您可以重新提交申请，并耐心等待审批结果。
- 寻求其他解决方案：如果重新申请仍然无法获得批准，您可以考虑其他解决方案，如调整企业的工作时间安排、与员工协商达成新的工作协议等。
六、了解相关法律法规和政策
在处理这个问题的过程中，建议您深入了解相关的法律法规和政策，以确保您的企业操作符合规定，并避免因不了解政策而导致的申请失败或其他风险。
七、寻求专业帮助
如果您在处理这个问题时遇到困难或不确定如何操作，您可以考虑寻求专业的法律或人力资源咨询帮助，以获得更具体和专业的指导。
最后，请保持耐心和积极配合审批部门的工作，相信通过您的努力和审批部门的协助，您能够成功解决这个问题。