在申请了综合工时制的情况下，法定加班当天的工资计算，通常是按照实际加班的小时数来计算，而非固定地按8小时或12小时计算。不过，具体计算方式还需结合加班的具体情况以及当地的劳动法规来确定。以下是对这一问题的详细分析：
一、综合工时制下的加班工资计算原则
在综合工时制下，员工的工时是在一个综合计算周期内（如周、月、季、年）进行统计的。在这个周期内，员工的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。如果超过了，那么超出部分应视为延长工作时间，并按照相关规定支付加班工资。
二、法定加班当天的工资计算
工作日加班：
- 如果在法定工作日加班，且综合计算周期内的总工时未超过法定标准，那么加班工资通常按照不低于工资的百分之一百五十支付。这里的“加班小时数”是指实际加班的小时数，而非固定的小时数。
休息日加班：
- 如果在休息日加班，且综合计算周期内的总工时未超过法定标准，但无法安排补休的，加班工资按照不低于工资的百分之二百支付。同样，这里的“加班小时数”也是指实际加班的小时数。
- 特殊情况：如果休息日加班后，在综合计算周期内能够安排补休，那么可能不需要支付加班工资。但具体是否安排补休以及补休的方式，需根据劳动合同或集体合同的约定以及当地的劳动法规来确定。
法定节假日加班：
- 在法定节假日加班，无论综合计算周期内的总工时是否超过法定标准，都应按照不低于工资的百分之三百支付加班工资。这里的“加班小时数”同样是指实际加班的小时数。
三、具体计算示例
假设某员工的月工资为5000元，其在一个月的综合计算周期内，法定工作日工作了160小时（未超过月法定标准工作时间176小时），但在某个法定节假日加班了8小时。那么，该员工在法定节假日的加班工资计算如下：
- 加班工资计算：\(5000元 \div 21.75天（月计薪天数）\div 8小时 \times 8小时 \times 300\% = 689.66元\)（结果四舍五入到小数点后两位）
四、注意事项
劳动合同与集体合同：
- 具体的加班工资计算方式可能因劳动合同或集体合同的约定而有所不同。因此，在计算加班工资时，应首先查阅劳动合同或集体合同的相关条款。
当地劳动法规：
- 不同地区的劳动法规可能对加班工资的计算有具体规定。因此，在计算加班工资时，还应考虑当地的劳动法规要求。
证据保留：
- 员工应保留好加班的相关证据，如加班通知、考勤记录等，以便在发生劳动争议时能够证明自己的加班情况。
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