关于规上企业两年不达标且不申请退库是否有处罚的问题，这主要取决于具体的行业规定、地方政策以及统计制度的要求，不能一概而论，但通常情况下，若企业持续不达标且不按规定申请退库，可能会面临一定的管理措施或处罚。以下是从不同角度进行的分析：
行业规定与地方政策：
- 不同行业和地区对于规上企业的标准、管理以及退库机制可能有不同的规定。一些行业或地区可能明确规定了企业若连续多年不达标，应主动申请退库，否则将面临一定的处罚或管理措施，如警告、罚款、限制参与政府采购或招投标等。
- 因此，要准确判断企业是否会面临处罚，首先需要查阅相关行业规定和地方政策，了解具体的退库要求和处罚措施。
统计制度的要求：
- 规上企业通常是根据统计制度的要求进行划分的，这些企业需要按照统计制度的规定报送相关数据。
- 如果企业持续不达标且不申请退库，可能会影响统计数据的准确性和完整性，从而对政府决策和经济分析产生负面影响。
- 在这种情况下，统计部门或相关政府部门可能会采取一定的管理措施，如要求企业整改、进行核查或调查，甚至可能对企业进行处罚。
可能的法律后果：
- 虽然具体的法律后果取决于行业规定、地方政策和统计制度的要求，但一般来说，企业若违反相关规定，可能会面临行政处罚，如罚款、警告等。
- 在某些情况下，如果企业的行为构成欺诈或虚假陈述，还可能面临更严重的法律后果，如刑事责任。
建议：
- 主动了解规定：企业应主动了解所在行业和地区对于规上企业的标准、管理以及退库机制的具体规定，确保自身行为符合相关要求。
- 及时申请退库：如果企业确实连续多年不达标，且无法改善，应及时按照规定申请退库，避免面临不必要的处罚或管理措施。
- 咨询专业意见：在面临复杂情况或不确定如何处理时，企业可以咨询专业律师或相关政府部门，以获取更准确的法律意见和指导。
如有任何进一步的疑问或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。