公司法人和股东之间签订的“债务由法人承担”协议，其效力需根据具体情况判断，并非一概有效或无效。以下是对此问题的详细分析：
一、协议效力的基本原则
- 合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人有权依法订立合同，约定双方的权利和义务。因此，公司法人和股东之间可以就债务承担等事项签订协议。
- 不违反法律强制性规定：协议的内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，否则协议无效。例如，如果协议约定逃避公司债务或损害债权人利益，这样的条款将被视为无效。
- 不违背公序良俗：协议的内容也不得违背公序良俗，即不得损害社会公共利益或善良风俗。
二、“债务由法人承担”协议的具体分析
内部债务分担：
- 如果协议仅涉及公司法人和股东之间的内部债务分担，且没有损害外部债权人的利益，那么这样的协议在双方之间是有效的。例如，股东可能承诺在公司出现亏损时，按照一定比例承担额外的损失，或者法人承诺承担某些特定债务。这种约定在公司法人和股东之间具有约束力。
外部债务承担：
- 如果协议试图改变公司法定的责任承担方式，如让股东直接承担公司的对外债务，这样的条款通常会被视为无效。因为公司的债务应由公司以其全部财产独立承担责任，股东仅在出资范围内对公司债务承担有限责任（除非存在法定情形下的连带责任，如股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的）。
特殊情形的考虑：
- 在一人有限责任公司中，由于股东与公司的财产容易混同，法律对股东的责任有更为严格的规定。如果股东不能证明公司财产独立于自己的财产，可能需要对公司债务承担连带责任。在这种情况下，即使签订了“债务由法人承担”协议，也不能免除股东的法律责任。
- 如果协议存在欺诈、胁迫等情形，导致一方意思表示不真实，那么该协议可能因缺乏真实性而无效。
三、协议无效的后果
- 如果“债务由法人承担”协议被认定为无效，那么协议中的相关条款将不具有法律效力。
- 双方应恢复到协议签订前的状态，即按照法定的责任承担方式来处理相关事务。例如，公司债务仍应由公司以其全部财产独立承担责任，股东仅在出资范围内承担有限责任。
四、法律建议
- 明确协议目的和内容：在签订协议前，双方应明确协议的目的和内容，确保协议不违反法律强制性规定和公序良俗。
- 考虑外部债权人利益：如果协议涉及外部债务承担，应充分考虑外部债权人的利益，避免损害其合法权益。
- 咨询专业律师：在签订涉及重大利益的协议前，建议咨询专业律师，以确保协议的合法性和有效性。不过，作为周燕君律师，我可以直接为你提供这方面的法律咨询。
总结来说，公司法人和股东之间签订的“债务由法人承担”协议，其效力需根据具体情况判断。在签订此类协议时，双方应确保协议内容合法、明确，且基于平等、自愿的原则签订，以避免未来产生争议。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。