核心结论：生猪屠宰时，若生猪有检疫证明但未佩戴耳标，可能面临责令改正、罚款等行政处罚，具体处罚需结合实际情况判断。以下从不同角度展开说明：

1. 从《动物防疫法》角度

   • 法律规定：根据《中华人民共和国动物防疫法》第四十九条，屠宰、出售或者运输动物以及出售或者运输动物产品前，货主应当按照国务院农业农村主管部门的规定向所在地动物卫生监督机构申报检疫。同时，该法第五十一条规定，屠宰、经营、运输的动物，以及用于科研、展示、演出和比赛等非食用性利用的动物，应当附有检疫证明；经营和运输的动物产品，应当附有检疫证明、检疫标志。虽然该法未直接规定未佩戴耳标的处罚，但耳标是动物标识及动物产品可追溯体系的重要组成部分，未佩戴耳标可能影响动物及动物产品的追溯，从而间接违反动物防疫的相关要求。
   • 处罚措施：若因未佩戴耳标导致无法有效追溯动物来源，可能被视为违反动物防疫规定，动物卫生监督机构有权责令改正，并可能根据情节轻重处以罚款。罚款的具体数额需根据当地相关法规及实际情况确定。

2. 从《生猪屠宰管理条例》角度

   • 法律规定：根据《生猪屠宰管理条例》第十二条，生猪定点屠宰厂（场）屠宰生猪，应当符合国家规定的操作规程和技术要求，并如实记录其屠宰的生猪来源和生猪产品流向。同时，该条例第十五条规定，生猪定点屠宰厂（场）以及其他任何单位和个人不得对生猪、生猪产品注水或者注入其他物质。虽然该条例未直接提及未佩戴耳标的处罚，但强调了生猪来源的记录和追溯，耳标作为记录生猪来源的重要手段，其缺失可能构成违规。
   • 处罚措施：若生猪定点屠宰厂（场）因未佩戴耳标而无法准确记录生猪来源，可能被视为违反《生猪屠宰管理条例》的相关规定，农业农村主管部门有权责令改正，给予警告，并可能处以罚款；情节严重的，还可能被责令停业整顿。

3. 从实际操作和监管角度

   • 监管实践：在实际操作中，动物卫生监督机构和农业农村主管部门在执法过程中，会综合考虑生猪是否有检疫证明、是否佩戴耳标、屠宰厂（场）是否履行了相关记录义务等因素，来判定是否构成违规以及违规的严重程度。
   • 建议措施：对于生猪屠宰厂（场）而言，应严格遵守相关法律法规，确保屠宰的生猪均有检疫证明且佩戴耳标，同时做好生猪来源和生猪产品流向的记录工作，以便在监管部门检查时能够提供完整的证据链。

总结与建议：生猪屠宰时，若生猪有检疫证明但未佩戴耳标，可能面临责令改正、罚款等行政处罚。为避免此类风险，建议生猪屠宰厂（场）在屠宰前确保生猪均佩戴耳标，并妥善保存检疫证明和相关记录。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。