公司违法时，员工是否会被牵连主要取决于员工对公司违法行为的知情程度、参与程度以及所担任的职责。以下是对此问题的详细分析：
一、员工通常无责的情况
不知情且未参与：
- 如果员工对公司的违法行为并不知情，也没有参与实施该违法行为，那么通常情况下员工不会被牵连。这是因为员工主要是按照上级的正常工作安排履行自己的职责，只要其行为符合法律规定和公司的正常业务流程，就无需为公司的违法后果承担责任。
- 实例：某贸易公司存在虚开发票的违法行为，但公司的普通销售人员对此并不知情，只是负责与客户洽谈业务、签订销售合同等常规销售工作，那么这些销售人员就不会因公司虚开发票的违法行为而受到牵连。
尽职尽责且无过错：
- 员工在履行职责过程中，如果尽到了合理的注意义务，没有疏忽或故意违反法律法规，即使公司存在违法行为，员工也不应被牵连。
二、员工可能被牵连的情形
直接参与违法活动：
- 如果员工明知公司的行为违法，仍然积极参与其中，那么员工会被牵连，并需要承担相应的法律责任。对于直接实施了核心违法犯罪行为的员工，处罚通常会相对较重。
- 实例：在非法集资案件中，某些员工负责向社会公众宣传推广非法集资项目并吸收资金，这些员工就可能被认定为非法集资的共犯，从而承担刑事责任。
提供帮助或协助：
- 即使员工没有直接实施违法行为，但如果为公司违法行为提供了帮助、协助或掩盖，同样可能被追究责任。
- 实例：公司财务人员明知公司在进行偷税漏税行为，却仍然按照领导要求做假账，这种情形下，财务人员就构成了对偷税漏税行为的帮助，可能会被以逃税罪的共犯论处。
负有管理职责却未尽责：
- 对于公司中负有管理职责的人员，如部门经理、高管等，他们有义务监督和管理下属的工作，确保公司的运营符合法律法规。如果他们对公司的违法行为负有管理不善、纵容或未采取有效措施制止的责任，也可能会被牵连。
- 实例：公司的食品安全管理部门经理，如果明知公司食品生产过程中存在违规操作可能影响食品安全，但未采取有效措施加以制止，最终导致食品安全事故发生，那么该经理就需要承担相应的法律责任。
知晓违法行为但未报告：
- 员工如果知晓公司的违法行为，但未采取阻止或报告措施，可能被视为有过错，从而在一定程度上受到牵连。但这种牵连通常较轻，且取决于员工是否能证明已尽合理注意义务或尝试阻止、报告违法行为。
三、特殊情况下的责任
公司设立目的违法：
- 如果公司是为了进行违法犯罪活动而设立的，或以实施犯罪为主要活动，普通员工也可能被视为共犯，尤其是当他们明知公司目的并积极参与时。
员工与公司之间的特殊关系：
- 员工与公司之间的特殊关系（如亲属关系、股权关系等）在某些情况下可能影响其法律责任。例如，如果员工是公司的大股东或实际控制人，且对公司的违法行为负有直接责任，那么他们可能需要承担更重的法律责任。
总结与建议
公司在运营过程中应严格遵守法律法规，员工也应时刻保持警惕，不参与任何违法活动。同时，员工应尽职尽责地完成本职工作，避免因失职而导致公司违法。对于公司违法行为，员工应勇于揭露并积极配合相关部门调查，以维护自身合法权益和社会公正。如果你在公司中遇到类似情况，或者有任何法律疑问，都可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。