这种情况是否合法不能一概而论，需分情况讨论：

1. 若甲、乙公司存在合法关联关系，如母子公司、总分机构关系，且已完善相关手续，则可能合法
   若甲、乙公司存在合法的关联关系（例如甲是乙的母公司，或乙是甲的分公司），且双方已就工资发放、社保缴纳等事宜达成合法有效的内部协议（例如委托代发工资协议、社保代缴协议），同时已向社保部门备案并获得许可，那么乙公司代发工资、甲公司缴纳社保的行为可能被认定为合法。
   但需注意：即使存在关联关系，若未履行备案或审批手续，仍可能因程序瑕疵被认定为违规。

2. 若甲、乙公司无合法关联关系，或未履行必要手续，则可能涉嫌违法
   根据《劳动合同法》第7条、第17条，用人单位与劳动者建立劳动关系后，应自行履行工资支付、社保缴纳等义务；若委托第三方代发工资或代缴社保，需满足以下条件：

   • 劳动者与用人单位（甲公司）的劳动合同中明确约定“工资由第三方代发”或“社保由第三方代缴”；
     
   • 甲公司与乙公司签订合法有效的委托协议，并明确双方权利义务；
     
   • 社保缴纳需以甲公司名义进行，且缴费基数、比例符合法律规定（乙公司仅作为代缴方，不改变甲公司的用人单位主体身份）。
     若未满足上述条件，可能被认定为“未依法支付工资”或“未依法缴纳社保”，劳动者可依据《劳动合同法》第38条主张解除劳动合同并要求经济补偿，或向劳动监察部门投诉。

3. 特殊情形：劳务派遣或业务外包中的合法性
   若甲公司是劳务派遣单位，乙公司是用工单位，且双方签订了合法有效的劳务派遣协议，那么工资由乙公司支付、社保由甲公司缴纳是合法的（但需注意派遣岗位是否符合“临时性、辅助性、替代性”要求）。
   若甲公司将部分业务外包给乙公司，且劳动者与甲公司保持劳动关系，则乙公司代发工资可能被认定为“代付行为”，但社保仍应由甲公司缴纳，否则可能涉嫌违法。

建议：

• 若您是劳动者，可要求甲公司出具工资支付、社保缴纳的合法说明，或向当地社保部门查询缴费主体是否与劳动合同一致；
  
• 若您是用人单位，建议完善内部协议，明确工资代发、社保代缴的流程及责任，避免因程序瑕疵引发纠纷。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体细节。