结论：单位在员工工作期间身体受损但不符合工伤标准时，按病假处理是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 不符合工伤认定条件，但符合病假医疗期规定
   若员工损伤经劳动部门认定为“非工伤”（如自身疾病、非工作原因意外等），但符合《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》中的医疗期条件（如因病需停止工作治疗），单位按病假处理是合法的。此时，单位需支付病假工资（通常不低于当地最低工资标准的80%），并保留医疗期内的劳动关系。

2. 损伤虽非工伤，但单位未履行法定病假义务
   若单位未按病假处理（如直接停发工资、解除劳动合同），则可能违法。例如：

   • 员工提供医疗机构出具的病假证明，单位拒绝认可；
     
   • 单位未支付病假工资或低于法定标准；
     
   • 单位在医疗期内单方解除劳动合同（除非员工存在严重违纪等法定情形）。
     此类行为可能涉及拖欠工资、违法解除等法律责任，员工可申请劳动仲裁维权。

3. 损伤存在争议，可能符合工伤但未认定
   若员工认为损伤应属工伤（如因工作原因突发疾病、职业病等），但单位或社保部门未认定，员工可自事故发生之日起1年内申请工伤认定。若最终认定为工伤，单位需按工伤待遇补偿（如医疗费、伤残补助金等），此前按病假处理的差额部分可追偿。

建议：

• 员工应保留医疗证明、工伤认定申请材料等证据，明确损伤性质；
  
• 若单位处理违法，可向劳动监察部门投诉或申请仲裁；
  
• 对工伤认定有异议的，及时通过行政复议或诉讼途径解决。
  

如有进一步细节（如损伤原因、单位具体处理方式等），可向我补充说明，以便更精准分析。