结论：合同主体变更但没有三方协议的情况下能否开票，需分情况讨论，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 从税务合规角度

   • 一般原则：根据我国税收法律法规，发票的开具应当与实际交易主体和交易内容相符。如果合同主体发生变更，但未签订三方协议明确各方权利义务以及发票开具的相关事宜，从严格税务合规角度看，直接以变更后的主体开票可能存在风险。因为税务机关在核查时，会重点审查发票开具与合同、资金流、货物流等是否一致。若合同主体变更无合法有效的协议支撑，可能被认定为虚开发票等违法行为，面临税务处罚。
   • 例外情况：如果能够提供充分的证据证明合同主体变更的合理性以及实际交易情况，例如双方之间的补充协议、沟通记录、实际履行情况等，且这些证据能够得到税务机关的认可，那么在特定情况下可能允许以变更后的主体开票。但这需要与税务机关进行充分沟通和说明，存在一定的不确定性。

2. 从合同法律关系角度

   • 合同相对性原则：合同具有相对性，合同主体变更涉及到合同权利义务的转移。在没有三方协议的情况下，原合同双方以及变更后的主体之间的权利义务关系可能不明确。如果直接以变更后的主体开票，可能引发合同纠纷。例如，原合同一方可能以未同意主体变更或发票开具不符合约定为由，拒绝履行付款义务或要求重新开具发票。
   • 协商一致原则：若合同主体变更虽然没有三方协议，但原合同双方以及变更后的主体能够就发票开具事宜达成一致意见，并形成书面或可证明的口头协议，明确各方在发票开具中的责任和义务，那么在这种情况下开票的风险相对较小。但为了避免后续纠纷，建议尽量采用书面形式固定相关协议内容。

3. 从实际操作角度

   • 企业内部控制：对于企业而言，内部财务和税务管理制度通常要求发票开具与合同主体一致。在没有三方协议的情况下，财务人员可能出于风险考虑拒绝以变更后的主体开票。这需要企业内部各部门之间进行沟通和协调，评估风险并做出合理决策。
   • 交易对方要求：如果交易对方同意接受以变更后的主体开具的发票，并且不存在其他法律和税务障碍，那么在实际操作中可能可以进行开票。但企业仍需保留相关证据，以证明交易的真实性和合法性，防止未来可能出现的纠纷。

建议：为了避免潜在的法律和税务风险，在合同主体变更时，最好签订三方协议，明确各方在合同履行、发票开具等方面的权利义务。如果确实无法签订三方协议，应尽可能收集和保留相关证据，证明合同主体变更的合理性和实际交易情况，并与税务机关和交易对方进行充分沟通和协商。如有进一步疑问，可直接向我咨询。