在职务犯罪辩护中，当被告人供述的贪污金额与证言不一致时，法院会综合全案证据进行认定，具体处理方式如下：

1. 证据审查原则：

   • 根据《刑事诉讼法》第五十五条，认定被告人有罪需达到“证据确实、充分”的标准，即综合全案证据排除合理怀疑。若被告人供述与证言存在矛盾，法院会重点审查证据的客观性、关联性及合法性，而非单一采信某一方陈述。
   • 示例：若被告人供述贪污100万元，但证人证言称仅看到50万元，法院会核查账目、银行流水等客观证据，结合贪污手段、赃款去向等综合判断。

2. 供述与证言的证明力对比：

   • 被告人供述：若供述稳定、细节具体且与其他证据（如书证、物证）印证，证明力较强；但若供述反复或存在刑讯逼供等非法取证情形，可能被排除。
   • 证人证言：需审查证人与被告人的关系、证言的稳定性及是否受外界干扰。若证言与其他客观证据一致，证明力较高；若证言孤立或存在矛盾，需谨慎采信。
   • 法律依据：根据《刑事诉讼法》第五十六条，采用刑讯逼供等非法方法收集的供述和证人证言，不得作为定案根据。

3. 矛盾证据的排除与采信规则：

   • 排除矛盾：若供述与证言矛盾且无其他证据佐证，法院可能依据“存疑有利于被告人”原则，就低认定贪污金额。
   • 采信规则：若供述与部分证言一致，且与其他客观证据（如合同、发票）形成完整证据链，法院会采信一致部分；对矛盾部分，需结合其他证据综合判断。
   • 示例：被告人供述贪污公款用于个人消费，证人证言称看到其购买奢侈品，同时银行流水显示大额支出，三者印证可认定贪污事实。

4. 特殊情形下的处理：

   • 被告人翻供：若被告人在庭审中翻供，需说明合理理由并提供证据支持；否则，法院可能采信其庭前供述。
   • 证人翻证：若证人推翻原证言，需审查翻证原因（如受胁迫、利益诱惑）；若无法合理解释，法院可能采信原证言。
   • 共同犯罪中的证据：在共同贪污案件中，若被告人与同案犯供述不一致，法院会结合各自分工、赃款分配等综合判断。

5. 量刑影响：

   • 贪污金额是量刑的重要依据，但法院会结合犯罪情节（如是否索贿、是否退赃）、社会影响等综合量刑。
   • 示例：若被告人供述贪污100万元但仅认定50万元，量刑幅度可能从“三年以上十年以下有期徒刑”降至“三年以下有期徒刑或拘役”。

法律建议：

• 若您作为被告人或辩护人，需重点审查证据的合法性及矛盾点，申请排除非法证据或申请证人出庭作证。
• 若您作为控方，需完善证据链，确保供述与证言、客观证据相互印证，避免单一证据依赖。

总结：被告人供述与证言不一致时，法院会以“证据确实、充分”为标准，综合全案证据认定贪污金额，并结合犯罪情节量刑。具体案件需结合证据细节分析，如有疑问可直接向我咨询。