结论：公司规定夜班每两个小时打一次卡，这一规定本身并不直接违法，但其合理性及是否侵犯员工权益需结合具体情况判断。以下从多个角度进行分析：
一、从劳动法的基本原则出发
合法性原则：
- 劳动法并未明确规定打卡的具体频率或方式，因此，公司规定夜班每两个小时打一次卡，在形式上并不违反法律强制性规定。
合理性原则：
- 合理性是判断公司规章制度是否合法的重要标准。如果公司能够证明这一打卡规定是为了确保夜班员工的工作状态、保障工作安全或进行必要的管理，且该规定并未对员工造成不合理的负担或侵犯其合法权益，那么这一规定可能是合理的。
- 反之，如果打卡规定过于频繁，导致员工无法正常休息或工作，甚至影响了员工的身心健康，那么这一规定可能被视为不合理，从而可能构成违法。
二、从员工权益保护的角度出发
休息权：
- 员工有权享受必要的休息时间。如果夜班每两个小时打一次卡的规定严重干扰了员工的休息，导致员工无法得到充分的休息，那么这一规定可能侵犯了员工的休息权。
隐私权：
- 打卡行为本身可能涉及员工的个人隐私。如果公司过度收集或使用员工的打卡信息，可能侵犯员工的隐私权。然而，在一般情况下，合理的打卡规定并不构成对隐私权的侵犯。
三、从实际操作和案例的角度出发
实际操作：
- 在实际操作中，公司应确保打卡规定的合理性和可行性。例如，可以设定合理的打卡时间间隔，避免过于频繁；同时，应提供便捷的打卡方式，减少对员工工作的干扰。
案例参考：
- 虽然没有直接的案例表明夜班每两个小时打一次卡是否违法，但类似案例中，法院通常会综合考虑打卡规定的合理性、对员工的影响以及公司的管理需要等因素来判断其合法性。
四、建议与措施
对于公司：
- 在制定打卡规定时，应充分考虑员工的权益和感受，确保规定的合理性和可行性。
- 可以与员工进行沟通协商，听取员工的意见和建议，共同制定合理的打卡制度。
对于员工：
- 如果认为打卡规定不合理或侵犯了自己的权益，可以与公司进行沟通协商，寻求解决方案。
- 如果沟通无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
总结：公司规定夜班每两个小时打一次卡，在形式上并不直接违法，但其合理性及是否侵犯员工权益需结合具体情况判断。如果这一规定过于频繁或对员工造成了不合理的负担，可能构成违法或侵犯员工权益。因此，公司在制定打卡规定时应充分考虑员工的权益和感受，确保规定的合理性和可行性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。