商铺租金扣税需要开票，且这种做法是合法的。以下从多个角度进行详细分析：

1. 税务合规性角度
   根据我国税收法律法规，商铺租金收入属于增值税应税项目（不动产租赁），出租方收取租金后负有依法纳税的义务。无论租金是否直接扣除税款，出租方均需向承租方开具合法有效的增值税发票（一般纳税人开具增值税专用发票，小规模纳税人可开具增值税普通发票）。这是税务合规的基本要求，也是承租方税前扣除的合法凭证。若未开票，出租方可能面临税务机关的处罚，承租方也可能因无法取得合法凭证而无法在税前扣除租金支出。

2. 合同约定与实际操作角度
   若租赁合同中明确约定“租金为含税价，由出租方承担税费并开具发票”，则出租方需按约定履行开票义务；若合同约定“租金为不含税价，税费由承租方承担”，则承租方需额外支付税款，但出租方仍需以含税租金总额开具发票（即发票金额=不含税租金+承租方承担的税费）。实践中，部分出租方可能以“扣税”为由拒绝开票，或仅开具不含税金额的发票，这种做法均不符合税法规定，可能引发税务风险。

3. 法律风险防范角度
   对承租方而言，要求出租方开具合法发票是维护自身权益的关键。若出租方拒绝开票，承租方可采取以下措施：

• 在合同中明确约定开票义务及违约责任（如逾期开票需支付违约金）；
  
• 支付租金时要求出租方提供税务机关代开的发票或自行申报纳税的证明；
  
• 向当地税务机关举报出租方的违法行为，由税务机关责令其补开发票并处罚。
  对出租方而言，主动开票可避免税务风险，同时提升商业信誉。若因未开票导致承租方无法税前扣除，出租方可能面临租金纠纷或合同解除的风险。

总结建议：商铺租金扣税必须开票，且发票金额应包含全部应税款项（无论税费由哪方承担）。建议租赁双方在合同中明确约定开票条款，并在实际履行中严格遵守。若遇到开票纠纷，可直接向我咨询具体解决方案。