总公司的特殊工时制并不当然适用于子公司，是否适用需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 法律关系角度：

   • 总公司与子公司是独立的法人实体，它们之间在法律上是相互独立的。特殊工时制（如不定时工作制、综合计算工时工作制）的批准通常是针对特定企业的，即该批准是赋予特定企业的特定权利。
   • 因此，总公司的特殊工时制批准并不自动延伸至子公司，子公司需要单独申请并获得相关批准后，才能实施特殊工时制。

2. 实际操作角度：

   • 在实际操作中，即使总公司获得了特殊工时制的批准，子公司也不能直接沿用。子公司需要根据自身的业务特点、员工构成、工作性质等因素，向当地劳动行政部门提出申请，并经过审核批准后，才能实施特殊工时制。
   • 如果子公司未经批准擅自实施特殊工时制，可能会面临劳动行政部门的处罚，包括但不限于警告、罚款等，甚至可能引发劳动争议和诉讼。

3. 合同与规章制度角度：

   • 子公司与员工之间的劳动合同以及公司的规章制度是确定工作时间、休息休假等劳动条件的重要依据。即使总公司有特殊工时制的安排，子公司也不能直接将其写入与员工的劳动合同或规章制度中，除非子公司已经获得了相应的批准。
   • 子公司应当根据自身的实际情况和劳动行政部门的批准，制定符合法律规定的劳动合同和规章制度，明确员工的工作时间、休息休假等劳动条件。

4. 建议与注意事项：

   • 对于子公司而言，如果希望实施特殊工时制，应当及时向当地劳动行政部门提出申请，并按照要求提交相关材料，如企业营业执照、员工名单、工作性质说明等。
   • 在申请过程中，子公司应当充分说明实施特殊工时制的必要性和合理性，以及已经采取的措施来保障员工的合法权益。
   • 子公司还应当加强与员工的沟通和协商，确保员工对特殊工时制的理解和接受，避免因此引发劳动争议和纠纷。

综上所述，总公司的特殊工时制并不当然适用于子公司。子公司需要根据自身的实际情况和法律要求，单独申请并获得相关批准后，才能实施特殊工时制。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。