结论：在发现离职员工与合作单位有利益输送但缺乏直接证据的情况下，不能直接采取法律行动，但可以通过内部调查、收集间接证据、寻求专业帮助以及考虑法律途径（在证据充分时）来应对。

详细分析：

1. 内部调查与初步取证：

   • 启动内部调查：公司应立即启动内部调查程序，成立专门的调查小组，负责收集与离职员工利益输送相关的信息。这包括查阅公司财务记录、合同文件、电子邮件、通讯记录等，以寻找可能的线索或证据。
   • 访谈相关人员：调查小组可以与公司内部可能知情的相关人员进行访谈，了解离职员工在任职期间的行为表现、与合作单位的交往情况等，以获取更多间接信息。

2. 收集间接证据：

   • 分析财务数据：仔细审查公司的财务数据，特别是与离职员工负责的项目或合作单位相关的交易记录，寻找异常或不合常规的交易模式。
   • 监控通讯记录：如果公司有合法的监控手段（如公司邮箱、内部通讯系统等），可以检查离职员工在任职期间的通讯记录，寻找与利益输送相关的线索。
   • 保留书面证据：任何与离职员工行为相关的书面材料，如报告、备忘录、会议记录等，都应妥善保存，作为可能的证据。

3. 寻求专业帮助：

   • 咨询律师：在调查过程中，公司应咨询专业律师的意见，确保调查程序的合法性和有效性，避免侵犯员工隐私或违反其他法律法规。
   • 考虑审计或调查服务：如果公司内部资源有限或调查难度较大，可以考虑聘请外部的审计机构或调查服务公司来协助调查。

4. 考虑法律途径（在证据充分时）：

   • 提起民事诉讼：如果公司能够收集到足够的证据证明离职员工存在利益输送行为，并给公司造成了损失，公司可以考虑提起民事诉讼，要求离职员工赔偿损失。
   • 报警处理：如果离职员工的行为涉嫌犯罪（如职务侵占、商业贿赂等），公司可以向公安机关报案，由公安机关进行刑事调查。
   • 注意证据的合法性和充分性：在采取任何法律行动之前，公司必须确保所收集的证据是合法、充分且能够支持其主张的。否则，可能会面临证据无效或诉讼失败的风险。

5. 预防措施与合规管理：

   • 加强内部控制：公司应加强内部控制机制，完善财务管理、合同管理、内部审计等制度，防止类似事件再次发生。
   • 开展合规培训：定期对公司员工进行合规培训，提高员工的法律意识和合规意识，确保员工了解并遵守公司的规章制度和法律法规。

后续行动建议：

• 在调查过程中，公司应保持谨慎和保密，避免泄露调查信息或侵犯员工隐私。
• 如果调查发现离职员工确实存在利益输送行为，公司应根据具体情况和法律法规的要求，采取适当的法律行动来维护自身权益。
• 公司应持续关注法律法规的变化和监管要求，及时调整和完善自身的合规管理体系。

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