协议出让土地使用权是一个涉及多方面法律和程序问题的复杂过程。以下是对协议出让土地使用权可能遇到的问题进行的详细解答：
一、协议出让的适用范围与条件问题
超范围适用：
- 根据《协议出让国有土地使用权规定》，经营性用地（如商业、旅游、娱乐和商品住宅等）以及同一宗地有两个以上意向用地者的，必须通过招标、拍卖或挂牌方式出让。若违规采用协议出让，将违反法律强制性规定。例如，某地方政府未经法定程序，直接将商业开发用地协议出让给特定企业，就属于超范围适用。
不符合出让条件：
- 协议出让的土地需符合土地利用总体规划、城市规划和年度建设用地计划等要求。若土地存在权属纠纷、未完成农用地转用审批等情况，则不得进行协议出让。例如，一块尚未办理征收手续的集体所有土地，政府就与开发商签订协议出让合同，此协议可能因违法而无效。
二、出让程序不规范问题
缺乏必要公告与公示：
- 协议出让虽不像招拍挂那样有严格的公开竞价程序，但也应保证一定的透明度。在确定协议出让对象前，应进行必要的公告和公示，接受社会监督。例如，某市国土部门在未发布任何公告的情况下直接与企业签订土地出让协议，就剥夺了其他潜在用地者的知情权和参与权。
协商过程不透明：
- 协议出让过程中，双方应就土地使用权的价格、用途、开发期限等重要条款进行充分协商，并形成书面记录。若协商过程不透明，缺乏规范的协商记录和文件，就可能导致后续争议时难以查明事实真相。
三、合同条款不完善问题
权利义务不明确：
- 土地出让合同应明确规定双方的权利和义务，包括土地的交付时间、开发建设要求、违约责任等内容。若合同中仅约定了土地的使用年限和用途，而对开发进度、配套设施建设等关键内容未作具体规定，就可能导致一方违约时另一方无法有效维护自己的权益。
价格条款不合理：
- 协议出让土地的价格应合理确定，不得低于国家规定的最低价标准。同时，价格的调整机制也应在合同中明确约定。若确定的土地价格明显低于周边同类土地的市场价格，且没有合理的依据和说明，就可能涉嫌国有资产流失。
四、监管与执行问题
监管不到位：
- 国土资源管理部门应对协议出让土地的使用情况进行全程监管，确保用地者按照合同约定使用土地。若监管部门对土地出让后的开发利用情况疏于管理，就可能导致部分企业取得土地后长期闲置或擅自改变土地用途。
执行困难：
- 当用地者违反土地出让合同约定时，监管部门有权采取相应的措施，如责令限期改正、收取违约金、收回土地使用权等。但在实际操作中，可能会遇到执行困难的问题。例如，某企业未按照合同约定进行开发建设，监管部门作出收回土地使用权的决定后，但由于涉及到企业的利益诉求、社会稳定等因素，导致该决定难以得到有效执行。
五、协议出让的透明度和公正性保障
- 为确保协议出让的透明度和公正性，所有协议出让的国有土地在双方达成一致后，必须在中国土地市场网公示相关信息，包括地块位置、用途、面积、出让年限、土地使用条件、意向用地者、拟出让价格等。公示期间如有异议且经审查确实违法的，协议出让将被终止。
综上所述，协议出让土地使用权涉及多个方面的法律和程序问题。在实际操作中，应严格遵守相关法律法规，确保协议的合法性和有效性，并通过公示制度保障交易的透明度和公正性。对于遇到的具体问题，建议咨询专业的法律人士或相关部门以获取更准确的解答和指导。