离职时只发基础工资是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 若劳动合同或公司规章制度明确约定离职时仅支付基础工资
   需进一步审查该条款的合法性。根据《劳动合同法》第二十六条，若该条款属于“免除用人单位法定责任、排除劳动者权利”的情形（例如未包含绩效工资、奖金等应得部分），则该条款无效，用人单位仍需按实际工作情况支付全额工资。若条款合法（例如约定离职时仅结算固定部分，且不违反最低工资标准），则可能按约定执行，但需注意：若实际工资低于当地最低工资标准，用人单位仍需补足差额。

2. 若劳动合同未明确约定，或约定模糊
   根据《工资支付暂行规定》第九条，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。此处“工资”应理解为劳动者在离职前应得的全部劳动报酬，包括基础工资、绩效工资、奖金、津贴等。若用人单位仅支付基础工资，可能涉嫌克扣工资，劳动者有权要求补足差额。

3. 特殊情形：劳动者主动离职且未提前通知
   即使劳动者未提前30日通知（试用期3日）解除劳动合同，用人单位仍需支付全额工资，但可依据《劳动合同法》第九十条要求劳动者赔偿因未提前通知造成的直接经济损失（需举证）。但赔偿与工资支付是独立法律关系，用人单位不得以赔偿为由克扣工资。

行动建议：

• 收集证据：劳动合同、工资条、考勤记录、离职证明等，证明应得工资总额及用人单位未足额支付的事实。
  
• 协商解决：与用人单位沟通，要求补足差额，并保留书面沟通记录（如邮件、微信）。
  
• 投诉或仲裁：若协商无果，可向当地劳动监察大队投诉，或申请劳动仲裁（时效1年），主张足额支付工资及可能的经济补偿（如用人单位违法解除合同）。
  

提示：若涉及提成、年终奖等非固定收入，需结合公司规章制度及实际贡献判断是否应支付。如有疑问，可进一步提供细节，我会为你具体分析。