结论：公司能否先开票再付款，这主要取决于双方之间的合同约定以及交易习惯，从法律层面来说，并没有明确的禁止性规定。但需注意，这种操作可能涉及税务和合同履行方面的风险，需谨慎处理。
详细分析：
合同约定优先：
- 在商业交易中，双方之间的合同是约束彼此行为的重要依据。如果合同中明确约定了先开票再付款的条款，那么双方应当按照合同约定履行。这种情况下，先开票再付款是合法的，因为双方已经通过合同形式达成了共识。
交易习惯的影响：
- 除了合同约定外，交易习惯也是影响双方行为的重要因素。在某些行业或地区，先开票再付款可能是一种普遍的交易习惯。如果双方都遵循这种习惯，并且没有对此提出异议，那么这种操作也可以被视为合法。但需要注意的是，交易习惯应当符合法律法规的规定，不得违反公序良俗。
税务风险：
- 先开票再付款可能涉及税务风险。根据税法规定，发票是纳税人发生应税行为时开具的收付款凭证。如果公司在未收到款项的情况下就开具了发票，可能会面临被税务机关认定为“虚开发票”的风险，从而受到相应的税务处罚。因此，公司在操作时应当确保发票的开具与款项的收付相匹配。
合同履行风险：
- 从合同履行的角度来看，先开票再付款也可能带来一定的风险。如果公司在开具发票后，对方未能按照约定支付款项，公司可能会面临资金回笼困难的问题。此外，如果双方因此产生纠纷，公司在维权时也可能面临一定的困难，因为发票的开具可能被视为对方已经履行了部分付款义务的证据。
建议：
- 明确合同条款：为了避免纠纷和风险，建议双方在合同中明确约定付款和开票的顺序、时间等条款，确保双方的权利和义务得到清晰界定。
- 遵循交易习惯：如果双方都遵循某种交易习惯，并且这种习惯符合法律法规的规定，那么可以按照习惯进行操作。但建议双方在操作前进行充分沟通，确保彼此对交易习惯的理解一致。
- 谨慎处理税务问题：公司在开具发票时应当确保与款项的收付相匹配，避免被税务机关认定为“虚开发票”。如果确实需要先开票再付款，建议与对方协商并签订相关协议，明确双方的责任和义务。
- 加强风险管理：公司在操作过程中应当加强风险管理，及时关注对方的付款情况，并在必要时采取法律手段维护自己的权益。
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