关于“工程款先开发票后付款是否合法”的问题，这确实是一个涉及合同、财务和税务多个层面的复杂议题。以下是我为您提供的详细分析：
一、合法性分析
合同约定层面：
- 在工程款支付中，交易双方完全可以在合同中明确约定付款和开票的顺序。如果双方同意先开发票后付款，并且这一约定不违反任何法律法规，那么这种做法就是合法的。合同是双方意思表示一致的结果，对双方均具有法律约束力。
法律法规层面：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，在对外发生经营业务收取款项时，应当向付款方开具发票。但这一规定并未明确要求发票的开具时间必须在收款之前或之后。因此，从法律条文的角度来看，先开发票后付款并不构成违法。
二、存在的风险与注意事项
尽管先开发票后付款在法律上可能并不违法，但企业在实际操作中仍需谨慎对待，因为这一做法可能带来以下风险：
税务风险：
- 发票一旦开具，即产生纳税义务。即使款项尚未收到，企业也需在相应的纳税申报期内申报并缴纳税款。
- 如果开票与付款的时间差过大，可能会引起税务部门的关注，甚至触发税务稽查。
财务风险：
- 先开发票但款项未能及时收回，会形成应收账款，影响企业的资金周转和财务状况。
- 若后续收款困难，可能导致坏账损失，对企业的财务健康构成威胁。
发票管理风险：
- 开票后对方未按时付款，可能导致发票需要作废或开具红字发票进行冲销，这增加了发票管理的复杂性和成本。
司法实践中的纠纷处理：
- 在纠纷中，发票本身通常被视为付款的初步证据，但并非绝对付款凭证。如果付款方仅提供发票作为证据，而收款方否认收到款项，付款方需进一步提供其他付款凭证（如转账记录、收款收据等）来证明款项已支付。
三、官方建议与防范措施
为了降低先开发票后付款带来的风险，我建议您采取以下措施：
明确合同约定：
- 在合同中详细约定开票与付款的具体时间和条件，确保双方权益得到充分保障。
加强沟通协作：
- 交易双方应保持密切沟通，确保开票与付款流程的顺畅进行。在开票前，可以与付款方确认付款计划和时间表。
风险管理：
- 企业应综合考虑税务、财务和发票管理风险，根据实际情况灵活选择开票与付款的顺序。如果可能的话，尽量选择先收款后开票的方式。
保留证据：
- 在交易过程中，保留好合同、送货单、对账单等额外证据，以证明款项的支付情况。这些证据在纠纷处理中可能起到关键作用。
综上所述，工程款先开发票后付款在一般情况下是合法的，但企业在实际操作中应充分考虑其中存在的风险和额外管理成本，并采取相应的防范措施以确保自身权益不受损害。