工程款拨付时先开票再分批付款这一做法，在法律上并无直接禁止，但其合法性及具体操作需结合合同约定、交易习惯及税法规定综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

1. 合同约定优先

• 核心原则：工程款的支付方式、时间节点等，首先应遵循双方签订的施工合同。若合同明确约定“先开票后付款”或“分批付款”，且双方均无异议，则该约定合法有效，双方应依约履行。
• 例外情形：若合同未明确约定，或约定模糊，则需结合交易习惯、行业惯例及双方实际履行情况判断。例如，若行业普遍采用“先开票后付款”模式，且双方此前交易均按此执行，则可能被认定为交易习惯，对双方具有约束力。

2. 税法合规性

• 发票开具义务：根据《中华人民共和国发票管理办法》及税法规定，销售方（施工单位）在收取款项前，有义务向购买方（建设单位）开具发票。若合同约定“先开票后付款”，施工单位需确保发票开具的真实性、合法性，避免虚开发票等违法行为。
• 付款与发票的匹配性：分批付款时，施工单位应按实际收款金额开具发票，避免“大头小尾”或“提前开具”等违规行为。建设单位在收到发票后，应核对发票金额与付款金额是否一致，确保税款抵扣的合法性。

3. 法律风险防范

• 施工单位风险：若合同未明确约定付款时间，仅约定“先开票后付款”，施工单位可能面临开票后建设单位拖延付款的风险。建议施工单位在合同中明确付款期限（如“开票后X日内付款”），并约定逾期付款的违约责任（如违约金、利息等）。
• 建设单位风险：若施工单位未按合同约定开具发票，建设单位有权拒绝付款，并可要求施工单位承担违约责任。但建设单位不得以“未开票”为由长期拖延付款，否则可能构成违约，需承担支付工程款及逾期利息的责任。

4. 实务建议

• 明确合同条款：双方应在合同中详细约定付款方式（如分批付款的比例、时间节点）、发票开具要求（如时间、金额、类型）及违约责任，避免争议。
• 保留履约证据：施工单位应妥善保存开票记录、付款申请、催款通知等证据；建设单位应保存付款凭证、发票核对记录等，以备纠纷时举证。
• 及时沟通协商：若因开票或付款问题产生争议，双方应首先通过协商解决，避免矛盾升级。协商不成时，可依据合同约定申请仲裁或提起诉讼。

总结：工程款拨付时“先开票再分批付款”的合法性取决于合同约定、税法合规性及双方履约情况。建议双方在合同中明确权利义务，并严格遵守税法规定，以降低法律风险。若您在具体操作中遇到问题，可直接向我咨询，我将结合实际情况为您提供专业建议。