针对“两个企业发工资，如何打官司”这一问题，核心在于明确工资发放主体、劳动关系归属及法律责任承担，以下是具体分析：

1. 明确劳动关系归属是关键前提
   若劳动者与其中一家企业签订劳动合同，但实际由另一家企业发放工资，需先通过工资支付记录、考勤记录、工作安排指令、社保缴纳记录等证据，证明实际劳动关系归属。例如：若A企业签订合同但B企业发工资，若劳动者受B企业管理、指挥，则可能认定与B企业存在事实劳动关系。
   法律依据：《关于确立劳动关系有关事项的通知》（劳社部发〔2005〕12号）规定，劳动关系认定需综合考量用工管理、工资支付、社保缴纳等因素。

2. 确定被告主体及诉讼请求

   • 若主张未签合同双倍工资：需以劳动合同相对方（即签约企业）为被告，但若能证明实际用工单位与签约单位存在混同用工（如财务、人员、办公场所混同），可将两企业列为共同被告，要求承担连带责任。
     
   • 若主张拖欠工资：需以实际发放工资的企业为被告；若该企业未足额支付，可同时要求签约企业承担补充责任（需证明签约企业未履行用工管理义务）。
     
   • 示例：若劳动者与甲公司签约，但工资由乙公司发放，且乙公司未足额支付工资，劳动者可起诉乙公司要求支付工资，并举证甲公司未实际用工，要求乙公司独立承担责任；若甲、乙公司存在关联关系且混同用工，可要求两公司连带赔偿。

3. 证据收集与诉讼策略

   • 核心证据：劳动合同、工资流水（需显示付款方名称）、考勤记录、工作群聊天记录、工牌、社保记录等。
     
   • 诉讼步骤：
     
     1. 向劳动仲裁委申请仲裁（劳动争议需先仲裁后诉讼）；
        
     2. 仲裁裁决后，若不服可向法院起诉；
        
     3. 诉讼中可申请法院调查令，调取企业银行流水、税务记录等，证明资金往来关系。
        
   • 注意：若两企业恶意串通逃避责任，可主张《民法典》第154条“恶意串通损害他人权益”的条款，要求法院认定其行为无效。

4. 潜在风险与应对

   • 风险：若无法证明劳动关系归属，可能被认定为与两企业均不存在劳动关系，导致败诉。
     
   • 应对：重点收集“实际用工”证据（如工作安排、管理指令），而非仅依赖工资发放记录；若两企业抗辩“代发工资”，需要求其提供委托代发协议等证据。

总结建议：先通过证据锁定实际用工单位，再根据诉求选择被告主体；若两企业存在关联关系，可主张混同用工要求连带责任。具体操作需结合个案证据，建议携带材料进一步沟通细节。