针对您提出的“营业执照是个体户，社保又是公司交的，这样是否合法”的问题，我们需要从多个角度来详细分析。

首先，根据《社会保险法》的相关规定，中华人民共和国境内的用人单位和个人应依法缴纳社会保险费。对于个体工商户而言，如果其有雇工，并且与雇工建立了劳动关系，那么该个体工商户就属于“用人单位”的范畴，需要为员工缴纳养老保险、失业保险、工伤保险等社会保险费用，这与公司的义务是一致的。这是法律对个体工商户作为用人单位时的明确要求。

然而，您所描述的情况是“营业执照是个体户，社保又是公司交的”，这实际上涉及到了两个不同的主体：个体工商户和公司。在正常情况下，个体工商户和公司是两个独立的法律实体，它们各自承担自己的法律责任和义务。如果个体工商户的社保是由另一家公司代为缴纳，且这种代缴并非基于真实的劳动关系，而是出于某种便利或规避法律的目的，那么这种行为就可能构成违规参保。

违规参保，特别是虚构劳动关系参保，是违法的行为。根据《社会保险基金行政监督办法》和《广东省社会保险基金监督条例》等相关规定，虚构劳动关系参保不仅可能导致社保费用的补缴、滞纳金的承担，还可能面临法律制裁，包括被列入社会保险严重失信人名单等。此外，社保“代缴”“挂靠”还存在诸多风险，如服务费支付、权益无法保障、个人信息泄露以及诈骗风险等。

因此，对于您的情况，如果个体工商户的社保是由与其无真实劳动关系的公司代为缴纳，那么这种行为是不合法的。为了避免法律风险和保障自身权益，建议您按照法律规定，以个体工商户的名义为员工缴纳社保，或者如果个体工商户本身没有雇工，而是以个人身份经营，那么可以选择以灵活就业人员的身份参加企业职工基本养老保险，由个人缴纳基本养老保险费。

总之，合法合规地缴纳社保是每个用人单位和个人的责任和义务，我们应该遵守相关法律法规，避免违规行为带来的法律风险和不良后果。