关于因中标原因废标后代理费由谁承担的问题，这主要取决于招标文件中的约定以及双方的实际履行情况，以下分情况讨论：
招标文件中有明确约定：
- 如果招标文件中明确规定了因中标原因废标时代理费的承担方式，那么应当遵循该约定。例如，招标文件可能规定，若因中标人原因导致废标，中标人需承担代理费；若因招标人原因或不可抗力导致废标，则代理费由招标人承担。
- 法律建议：在此情况下，双方应首先查阅招标文件，明确代理费的承担条款，并按照约定执行。
招标文件中没有明确约定：
- 若招标文件中未明确约定代理费的承担方式，则通常需要根据双方的实际履行情况、公平原则以及行业惯例来判断。
- 实际履行情况：考虑代理机构在招标过程中实际提供的服务内容、工作量以及是否已完成了其应尽的职责。如果代理机构已按照招标文件的要求完成了全部或大部分工作，且废标并非因其过错导致，那么要求代理机构承担全部或部分代理费可能显失公平。
- 公平原则：根据《中华人民共和国民法典》中的公平原则，双方应合理分担因废标产生的损失。如果废标是由于中标人的过错导致，中标人应承担相应的责任，包括可能的代理费损失；如果废标是由于招标人或不可抗力的原因导致，则招标人应考虑给予代理机构一定的补偿。
- 行业惯例：在某些行业或地区，可能存在关于废标后代理费承担的惯例或做法。这些惯例或做法虽然不具有法律约束力，但可以作为双方协商的参考。
- 法律建议：在此情况下，双方应首先尝试通过协商解决代理费的承担问题。如果协商不成，可以考虑寻求法律途径解决，如提起诉讼或仲裁。在诉讼或仲裁过程中，法院或仲裁机构将根据双方提供的证据、相关法律法规以及公平原则来作出裁决。
额外提醒：
- 为了避免因中标原因废标后代理费承担问题产生纠纷，招标人和代理机构在签订招标代理合同时，应明确约定代理费的承担方式、条件以及争议解决机制等条款。
- 在招标过程中，双方应保持良好的沟通与合作，及时解决可能出现的问题，以确保招标活动的顺利进行。
总结：因中标原因废标后代理费的承担问题，应首先依据招标文件中的约定执行；若无约定，则需根据双方的实际履行情况、公平原则以及行业惯例来判断。如有需要，建议直接向我咨询，以便更具体地分析情况并给出法律建议。