结论前置：店关了3年以后员工申请仲裁，一般情况下可能已经超过了仲裁时效，但具体还需根据实际情况判断是否存在时效中断或中止的情形。以下从多个角度进行分析：
一、仲裁时效的一般规定
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条：“劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。”这意味着，在正常情况下，员工需要在知道或应当知道其权利被侵害之日起一年内申请仲裁。如果店铺关闭且员工因此权利受到侵害（如未支付工资、经济补偿等），那么从店铺关闭之日起，员工应当知道其权利可能受到侵害，仲裁时效开始计算。
二、时效中断与中止的情形
虽然一般情况下仲裁时效为一年，但法律也规定了时效中断和中止的情形：
时效中断：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条第二款：“前款规定的仲裁时效，因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。”如果员工在店铺关闭后的一年内，向店铺（或其负责人、继承人等）主张了权利，或者向有关部门请求了权利救济，或者店铺（或其负责人、继承人等）同意履行义务，那么仲裁时效会中断，并重新计算一年。
时效中止：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条第三款：“因不可抗力或者有其他正当理由，当事人不能在本条第一款规定的仲裁时效期间申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。”如果员工因不可抗力（如自然灾害、战争等）或其他正当理由（如严重疾病、被限制人身自由等）无法在一年内申请仲裁，那么仲裁时效会中止，并在中止原因消除后继续计算。
三、具体案例分析
在您的情况下，如果店铺关闭已经3年，且没有发生时效中断或中止的情形，那么员工申请仲裁可能已经超过了时效。但是，如果员工能够证明在店铺关闭后的一年内，曾经向店铺（或其负责人、继承人等）主张过权利，或者向有关部门请求过权利救济，或者店铺（或其负责人、继承人等）同意履行义务，那么仲裁时效可能会重新计算，员工仍然有可能申请仲裁。另外，如果员工因不可抗力或其他正当理由无法在一年内申请仲裁，且这些原因在店铺关闭后的一年内仍然存在，并在之后消除，那么仲裁时效可能会中止并在原因消除后继续计算。
四、建议
收集证据：如果员工认为自己的权利受到侵害，并打算申请仲裁，那么首先需要收集相关证据，如劳动合同、工资单、店铺关闭的通知或公告、主张权利的记录等。
咨询专业律师：由于劳动仲裁涉及复杂的法律程序和实体问题，建议员工在申请仲裁前咨询专业律师，以了解自己的权利和义务，以及申请仲裁的可能性和风险。
及时行动：如果员工决定申请仲裁，那么应当尽快行动，以免因超过时效而丧失权利。
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