商标侵权双方和解后，工商部门是否不予处罚需分情况讨论，具体结论及分析如下：

1. 若侵权行为轻微且获谅解，工商部门可能酌情减轻或免罚

• 法律依据：根据《关于当事人协商解决后如何追究侵权人行政法律责任的批复》，若侵权行为未侵害社会公众利益或消费者权益，且情节轻微，商标注册人或利害关系人申请撤诉的，工商部门可依法从轻、减轻或不予处罚。
• 实务要点：需满足“侵权行为轻微”“未造成社会危害”“被侵权方明确放弃追究行政责任”等条件。例如，初犯、非故意侵权、及时停止销售且未大规模扩散的情形，可能被认定为轻微。

2. 若侵权行为严重，即使和解仍可能被处罚

• 法律依据：根据《商标法》第六十条，工商部门认定侵权行为成立的，可责令停止侵权、没收销毁侵权商品及工具，并处以罚款（违法经营额五万元以上的，处五倍以下罚款；不足五万元的，处二十五万元以下罚款）。对五年内两次以上侵权或有其他严重情节的，应从重处罚。
• 实务要点：即使双方和解，若侵权行为涉及大规模生产、销售，或存在伪造商标、恶意侵权等情节，工商部门仍可能启动行政处罚程序。例如，某企业长期生产假冒注册商标商品，即使与权利人达成和解，仍可能被罚款并没收设备。

3. 和解协议需明确放弃追究行政责任

• 风险提示：若仅达成民事赔偿和解，未在协议中明确约定“被侵权方放弃向行政机关投诉的权利”，工商部门仍可能依职权或第三方举报启动调查。例如，双方仅约定赔偿金额，未提及行政责任，后续工商部门仍可处罚。
• 建议条款：和解协议中应明确“被侵权方承诺不再就本次侵权行为向行政机关、司法机关主张权利”，并留存书面证据。

4. 工商部门处理流程的关键节点

• 立案前和解：若在工商部门立案前达成和解并撤诉，通常不会处罚。
• 立案后和解：若已立案但未作出行政决定，工商部门可结合侵权情节、社会危害性等决定是否处罚。
• 判决后和解：若法院已作出民事判决或工商部门已作出行政处罚，和解不影响已生效决定的执行。

法律建议

1. 及时撤诉：若希望避免行政处罚，应在工商部门立案前或作出决定前提交撤诉申请，并附上和解协议。
2. 完善协议内容：和解协议需明确双方权利义务，尤其是行政责任的放弃条款，避免后续纠纷。
3. 评估侵权情节：若侵权行为严重（如涉及假冒注册商标罪刑事犯罪），即使和解也可能面临刑事追责，需提前咨询律师。

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供专业分析。