工程违约金并非一定从提报结算开始计算，其计算起始时间取决于合同约定及实际情况，超过合理结算时间的情况也需根据具体情形分析。以下从不同角度为你详细解释：
合同约定优先
在建设工程合同中，双方通常会就工程款的支付、结算以及违约金的计算等事项进行明确约定。如果合同中明确规定了违约金从提报结算之日起计算，那么双方就应当按照合同约定执行。例如，合同可能规定：“若发包方在收到承包方提交的结算报告后XX日内未提出异议，则视为认可该结算报告，并自提交之日起按日支付违约金。”在这种情况下，违约金的计算起始时间就是明确的，即从提报结算之日起计算。
无约定或约定不明时的处理
如果合同中没有明确规定违约金的计算起始时间，或者约定不明，那么就需要根据相关法律法规和行业惯例来推断。一般来说，违约金的计算起始时间应当与违约行为的发生时间相一致。在工程款纠纷中，如果发包方未按照合同约定的时间支付工程款，那么违约金可能从应付款项到期之日起计算。而关于结算时间，如果合同中没有明确规定，或者规定不合理导致双方产生争议，那么可能需要通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式来确定一个合理的结算时间，并据此确定违约金的计算起始时间。
超过合理结算时间的情况
在工程款纠纷中，有时会出现超过合理结算时间的情况。这可能是由于发包方故意拖延结算、双方对结算金额存在争议、或者结算流程复杂等原因导致的。在这种情况下，违约金的计算起始时间可能会受到影响。具体来说：
如果发包方故意拖延结算：且合同中有明确规定违约金从提报结算之日起计算，那么即使结算时间超过了合理期限，违约金仍然可能从提报结算之日起计算。但需要注意的是，如果发包方能够证明其拖延结算是由于承包方的原因导致的（如提交的结算资料不完整、存在错误等），那么发包方可能不需要承担违约责任。
如果双方对结算金额存在争议：且无法通过协商解决，那么可能需要通过仲裁或诉讼等方式来确定结算金额。在这种情况下，违约金的计算起始时间可能会推迟到仲裁或诉讼结果出来之后。但这也取决于合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。
如果结算流程复杂：导致结算时间超过了合理期限，且合同中没有明确规定违约金的计算起始时间，那么双方可能需要通过协商来确定一个合理的违约金计算起始时间。如果协商不成，则可能需要通过法律途径来解决争议。
法律建议
仔细审查合同条款：在签订建设工程合同时，双方应当仔细审查合同条款，特别是关于工程款支付、结算以及违约金计算等方面的条款。确保合同条款明确、具体、无歧义，以避免后续产生争议。
及时沟通协商：在工程款结算过程中，双方应当保持及时沟通协商，共同解决可能出现的问题。如果发现结算时间可能会超过合理期限，双方应当及时协商并达成一致意见，以避免产生不必要的违约责任。
寻求法律帮助：如果双方无法就工程款结算及违约金计算等问题达成一致意见，或者发生争议无法解决，那么可以寻求专业律师的帮助。律师可以根据相关法律法规和合同条款，为双方提供专业的法律意见和解决方案。
如果你在工程款纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。