逾期支付工程款违约金的起算时间，主要依据合同中的具体约定、相关法律法规以及交易习惯来确定。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、合同有明确约定的情况
约定具体付款日期：
- 若合同中明确规定了工程款的支付日期，如“工程竣工验收合格后30日内支付工程款”，则逾期付款违约金的起算时间从该约定日期的次日开始计算。例如，若工程于2024年6月1日验收合格，则付款期限至2024年6月30日，逾期自2024年7月1日起算。
约定付款条件成就时付款：
- 若合同规定在特定条件满足时付款，如“工程进度达到50%时支付部分工程款”，则逾期付款时间从条件成就的次日开始计算。这要求双方对条件成就的时间有明确的记录和确认。
宽限期的约定：
- 合同中若设有宽限期，即在原付款期限届满后给予的额外付款时间，逾期付款时间从宽限期届满的次日起算。例如，原定付款日为2024年7月1日，宽限期为15天，则逾期自2024年7月16日起算。
二、合同没有约定付款期限的情况
双方达成补充协议：
- 如合同未约定付款期限，事后双方可通过协商达成补充协议明确付款时间。逾期付款时间的计算方式与有明确约定的情况相同，即从补充协议约定的付款期限届满的次日起算。
根据交易习惯或法律规定确定：
- 无法达成补充协议时，可依据合同相关条款、交易习惯或《民法典》的规定来确定付款期限。若仍不能确定，根据《民法典》的相关规定，发包人应在收到承包人提交的竣工结算文件后的一定期限内（如28天）进行审核并支付工程款，逾期则从该期限届满的次日起算违约金。
债权人请求履行：
- 在履行期限不明确且无法达成补充协议的情况下，承包人（债权人）可随时请求发包人（债务人）履行付款义务，但需给予发包人必要的准备时间。逾期日期从承包人请求履行并给予必要准备时间后的合理期限届满之日起计算。
三、特殊情况下的逾期付款
- 不可抗力：
- 因不可抗力等不能预见、不能避免并不能克服的客观情况导致无法按时付款的，不构成逾期。不可抗力事件消除后，双方可协商重新确定付款时间，逾期从重新确定的付款期限届满的次日起算。
四、逾期付款违约金的计算示例
假设合同约定工程款为100万元，逾期付款违约金为每日万分之五，且合同约定付款期限为工程竣工验收合格后30日内。若工程于2024年6月1日验收合格，但发包人直至2024年7月15日才支付工程款，则逾期天数为15天（从2024年7月1日至2024年7月15日）。违约金计算如下：
\[违约金 = 工程款金额 \times 违约金比例 \times 逾期天数\]
\[= 1000000 \times 0.0005 \times 15\]
\[= 7500元\]
五、法律建议
审查合同条款：在签订合同时，务必仔细审查合同条款，特别是关于付款期限和逾期付款违约金的约定，确保条款明确、合法且有效。
及时主张权利：一旦发现发包人逾期付款，承包人应及时通过书面等方式向发包人主张违约金，以维护自身合法权益。
保留证据：在合同履行过程中，承包人应妥善保留与工程款支付相关的所有证据，如合同、付款凭证、验收报告等，以便在发生纠纷时提供充分证据支持自己的主张。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。