关于逾期支付工程款违约金的计算问题，这是一个涉及合同约定、实际损失以及相关法律法规的综合考量过程。以下是我为您提供的详细解答：
一、合同约定优先
首先，我们需要查看建设工程施工合同中是否明确约定了逾期支付工程款的违约金计算方法或具体金额。如果合同中有这样的约定，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么我们就应按照合同约定来确定违约金。例如，合同可能约定每逾期一日按未支付金额的万分之五支付违约金，或者设定一个固定的违约金金额。
二、约定过高或过低的调整
如果合同中约定的违约金过高或过低，当事人可以请求法院或仲裁机构予以适当调整。调整的原则是确保违约金数额公平合理，能够反映实际损失、合同履行情况、当事人过错程度及预期利益等因素。一般来说，如果违约金超过造成损失的30%，可能会被视为“过分高于造成的损失”，从而需要进行调整。
三、无约定时的处理
如果合同中没有约定违约金，或者约定的违约金无法准确反映实际损失，那么我们可以参照以下方式来确定违约金：
参照相关标准或惯例：可以参照行业标准、交易惯例或类似案例来确定违约金数额。这些标准和惯例通常能够反映行业内的普遍做法和预期损失。
按照实际损失计算：根据《民法典》的规定，违约方应赔偿因违约给对方造成的实际损失，包括合同履行后可以获得的利益。因此，承包方可以主张因发包方逾期支付工程款而产生的资金占用利息、追讨费用等实际损失作为违约金的一部分。为了证明这些损失，承包方需要提供充分的证据。
法定利率标准：如果无法确定实际损失，可以参照中国人民银行发布的同期同类贷款利率或同期贷款市场报价利率（LPR）来计算违约金。这种计算方法相对客观，能够反映因逾期付款给债权人造成的损失。
四、综合考虑案件具体情况
在确定违约金时，我们还需要综合考虑逾期时间的长短、逾期金额的大小、债权人的实际损失以及债务人的过错程度等因素。这些因素都可能影响违约金的最终确定，并需由法院或仲裁机构根据实际情况进行裁量。
五、建议与总结
由于逾期支付工程款违约金的计算是一个复杂而细致的过程，涉及多个法律因素和实际情况的考量。因此，我建议您在实际操作中咨询专业的律师或法律机构，以确保自身权益得到充分保护并获得准确的法律意见和帮助。同时，也建议您在签订合同时就明确约定违约金的计算方法和金额，以避免后续争议和纠纷的发生。